Meilleurs logiciels comptables pour freelance

Tableau comparatif des logiciels de comptabilité pour freelance

*Tarifs mensuels constatés sur le marché en juillet 2026. 

Zoom sur les solutions adaptées aux freelances

Contrairement à un métier réglementé, "freelance" recouvre des statuts, des régimes fiscaux et des niveaux de revenus très différents : le bon logiciel dépend avant tout de ces choix, bien plus que du secteur d'activité en tant que tel. Voici une présentation détaillée de chacune des six solutions du comparatif.

Tiime

Avec son interface simple d'utilisation, Tiime permet d'éditer et de personnaliser des devis et factures conformes, en illimité, dès son offre gratuite. Avec l'offre Business à 24,99 € par mois, il devient possible de synchroniser les comptes bancaires et de gérer les notes de frais.

Pour qui ? Les freelances en micro-entreprise ou en début d'activité qui veulent un outil de facturation économique, à compléter par un comptable.

Prix : de 0 € HT/mois (Free) à 24,99 € HT/mois (Business).

Swapn

Swapn est un service de comptabilité en ligne pensé pour les freelances en EI au réel ou en société qui veulent gagner en autonomie sans gérer seuls la partie déclarative. Grâce à la synchronisation bancaire, vous catégorisez vos transactions, ce qui permet de calculer automatiquement la TVA, télé-déclarée directement à impots.gouv.fr.

Pour qui ? Les freelances en société ou en EI au régime réel qui veulent déléguer la partie déclarative à un tarif accessible.

Prix : dès 29 € HT/mois, sans engagement. L'application Tiime est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

L-Expert-Comptable.com

Pour les freelances qui hésitent entre plusieurs statuts ou qui doivent sécuriser des revenus irréguliers, L-Expert-Comptable.com propose un comptable dédié qui aide à choisir la structure la plus adaptée (micro, EI, EURL, SASU) et prend en charge la révision des comptes, la TVA et le bilan.

Pour qui ? Les freelances en EI au régime réel ou en société qui veulent un accompagnement pour sécuriser leurs choix de statut et leurs revenus.

Prix : de 39 € HT/mois (BNC sans TVA) à 69 € HT/mois selon le régime, sans engagement. L'application Tiime est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

Freshbooks

Freshbooks est un logiciel de facturation et de comptabilité d'origine anglophone, multi-devises, utilisé par les freelances qui facturent des clients à l'international. Il ne gère toutefois pas nativement les spécificités françaises (TVA, autoliquidation, facturation électronique).

Pour qui ? Les freelances dont la majorité des clients sont à l'étranger, en complément d'un comptable ou d'un second outil pour la partie française.

Prix : de 10 € à 45 € HT/mois.

Pennylane

Pennylane centralise facturation, trésorerie et comptabilité. Le tarif d'entrée reste accessible, mais la comptabilité d'engagement complète, la TVA en EDI et le bilan ne sont disponibles qu'à partir de l'offre Premium.

Pour qui ? Les freelances en croissance qui veulent un outil complet en autonomie, en lien avec leur propre expert-comptable.

Prix : de 7 € HT/mois à 149 € HT/mois dès qu'un salarié est déclaré.

Indy

Indy automatise la saisie comptable et la comptabilité d'engagement, très populaire chez les indépendants. Il réserve toutefois la TVA en EDI ainsi que le bilan et la liasse fiscale à l'offre Premium.

Pour qui ? Les freelances en exercice individuel qui veulent une large autonomie, tant que leur activité reste simple.

Prix : de 0 € à 59 € HT/mois selon le statut.

Les spécificités comptables du freelance

Le choix du statut : l'enjeu central du freelance

Contrairement à un métier réglementé où le statut est souvent contraint, un freelance choisit librement entre micro-entreprise, entreprise individuelle au réel, société (EURL, SASU) ou portage salarial. Ce choix détermine directement les obligations comptables : simple registre de recettes en micro-entreprise, comptabilité complète et bilan en société. C'est la première question à trancher avant même de choisir un logiciel.

Cotisations sociales : travailleur non salarié ou assimilé salarié

Selon le statut choisi, le freelance cotise soit en tant que travailleur non salarié (TNS, en EI ou en gérance majoritaire d'EURL), soit en tant qu'assimilé salarié (président de SASU). Les taux de cotisations, la protection sociale et le mode de calcul diffèrent significativement, ce qui a un impact direct sur le revenu net réellement disponible.

Revenus irréguliers et plateformes de mise en relation

De nombreux freelances passent par des plateformes de mise en relation (Malt, Comet, et d'autres), qui prélèvent une commission généralement comprise entre 10 et 20 % sur chaque mission. Cette commission doit être correctement comptabilisée, et les revenus, souvent irréguliers d'un mois à l'autre, demandent un suivi de trésorerie rigoureux pour anticiper les périodes creuses.

Logiciel seul ou cabinet comptable : quelle option ?

Micro-entreprise (franchise en base de TVA) : un logiciel simple comme Tiime est généralement suffisant pour gérer les devis, les factures et le suivi du chiffre d'affaires.

Entreprise individuelle (EI) au régime réel avec une activité simple : un freelance peut rester autonome avec un logiciel de comptabilité complet, comme Pennylane ou Indy.

Freelance en société (EURL, SASU) ou avec des revenus irréguliers selon les missions : le choix du statut, le calcul des cotisations sociales, l'optimisation de la rémunération et l'établissement du bilan nécessitent souvent l'accompagnement d'un professionnel, des aspects que les logiciels seuls couvrent rarement. À titre d'exemple, chez Indy, l'option avec expert-comptable porte le coût total à 108 à 118 € HT/mois, sans comptable dédié.

Alternatives avec accompagnement comptable :

• Swapn : assistance de nos comptables à partir de 29 € HT/mois, sans engagement.
• L-Expert-Comptable.com : comptable dédié pour vous accompagner dans le choix et la sécurisation de votre statut, à partir de 39 € HT/mois, sans engagement.

Facturation électronique : ce que ça change pour les freelances

La réforme de la facturation électronique impose progressivement à toutes les entreprises françaises, y compris les freelances, d'émettre et de recevoir leurs factures via une plateforme agréée. Deux échéances à retenir :

• 1er septembre 2026 : toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir des factures électroniques.
• 1er septembre 2027 : les TPE, PME et micro-entreprises doivent aussi pouvoir émettre leurs factures dans ce format.

Un point spécifique aux freelances qui passent par des plateformes de mise en relation : la facture doit toujours être émise par le freelance lui-même, même si la mission a été trouvée via une plateforme. Il faut donc s'assurer que son propre outil de facturation, et non celui de la plateforme, soit conforme à la réforme.

Questions fréquentes

Quel logiciel de comptabilité choisir en tant que freelance ? 

Cela dépend de votre statut et de la régularité de vos revenus. Un logiciel comme Tiime convient pour la facturation en micro-entreprise, tandis qu'une activité en société ou avec des revenus irréguliers gagnera à s'appuyer sur un comptable dédié, comme celui proposé par L-Expert-Comptable.com.

Quel statut choisir pour se lancer en freelance ? 

La micro-entreprise convient pour démarrer et tester une activité, avec des démarches simplifiées. Au-delà de certains seuils de chiffre d'affaires ou pour une meilleure protection sociale, l'EI au réel ou une société (EURL, SASU) deviennent pertinentes.

Comment gérer des revenus irréguliers en freelance ? 

Un suivi de trésorerie régulier permet d'anticoper les mois creux en mettant de côté une partie des revenus des mois plus actifs, notamment pour couvrir les charges fixes et les cotisations sociales.

Comment déclarer la commission prélevée par une plateforme comme Malt ou Comet ? 

La commission prélevée par la plateforme est une charge déductible pour le freelance, qui doit néanmoins déclarer la totalité du montant facturé au client en chiffre d'affaires, et non le montant net perçu après commission.

Travailleur non salarié ou assimilé salarié : quelle différence pour un freelance ? 

Le statut TNS (EI, gérance majoritaire d'EURL) implique des cotisations sociales généralement plus faibles mais une protection sociale moindre. Le statut assimilé salarié (président de SASU) offre une meilleure protection sociale, avec des cotisations plus élevées.

Un freelance qui facture à l'international doit-il gérer la TVA différemment ? 

Oui : autoliquidation pour un client professionnel dans l'Union européenne, exonération pour un client hors UE, TVA au taux normal pour un client français. Un logiciel ou un comptable qui maîtrise ces règles limite le risque d'erreur.

Combien coûte un expert-comptable pour un freelance ? 

Le coût varie généralement entre 39 € et 69 € HT par mois selon le régime fiscal. Chez L-Expert-Comptable.com, l'accompagnement démarre à 39 € HT/mois pour les BNC sans TVA.

Sources & Références

• Service Public Entreprendre - Seuils de la micro-entreprise 2026-2028
• Impots.gouv.fr - TVA sur les prestations entre assujettis (règles de territorialité)
• Economie.gouv.fr - Tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises