Les meilleurs logiciels comptables pour profession libérale

Tableau comparatif des solutions comptables pour profession libérale

* Tarifs mensuels constatés sur le marché en juillet 2026.

Quel logiciel de comptabilité choisir pour une profession libérale ? 

Pour vous aider à faire le bon choix, nous avons analysé en détail les solutions phares du marché, leurs tarifs réels et leurs fonctionnalités spécifiques. 

Tiime

Tiime est un logiciel tout-en-un moderne et intuitif, idéal pour les professionnels libéraux qui souhaitent émettre leurs notes d'honoraires sans limite et suivre leur activité de près. Ce n'est pas un logiciel purement comptable destiné à réaliser une liasse fiscale complète de manière autonome, mais un outil de gestion ultra-performant.

Pour qui : Les professionnels libéraux au régime de la micro-entreprise ou en entreprise individuelle qui recherchent un outil de facturation robuste et un compte professionnel interconnecté.

Prix : 0 € HT/mois (formule Free), 17,99 € HT/mois (formule Smart) ou 24,99 € HT/mois (formule Business pour les besoins avancés comme les API ou les liens de paiement), le tout sans engagement.

Swapn

Swapn combine la puissance technologique de l'application Tiime avec la sécurité d'une véritable équipe comptable en ligne, offrant le meilleur rapport qualité-prix du marché pour les professions libérales au régime réel.

Pour qui : Les professionnels libéraux en entreprise individuelle (BNC au régime réel) ou en société (SELARL, SASU) qui veulent déléguer toute leur comptabilité sans se ruiner.

Prix : Dès 29 € HT/mois, sans engagement (l'accès à l'application Tiime Smart est offert pendant les 6 premiers mois, puis s'élève à 17,99 € HT/mois, sans engagement).

L-Expert-Comptable.com

L-Expert-Comptable.com est un cabinet de comptabilité en ligne haut de gamme qui met à disposition un comptable dédié pour chaque client. Le cabinet maîtrise parfaitement les spécificités des professions libérales, notamment le passage des notes d'honoraires et le calcul des cotisations Urssaf.

Pour qui : Les libéraux (avocats, consultants, professionnels de santé) qui recherchent une sécurité fiscale absolue et un interlocuteur unique pour optimiser leur fiscalité.

Prix : 39 € HT/mois pour les BNC sans TVA, et 69 € HT/mois pour les BNC avec TVA, sans engagement (l'application Tiime Smart est offerte pendant 6 mois, puis à 17,99 € HT/mois, sans engagement).

Macompta.fr

Macompta.fr est un logiciel comptable modulaire : chaque brique (facturation, déclarations TVA, bilan) s'ajoute séparément au module de base. Le prix d'entrée affiché est donc trompeur, car il ne couvre ni la TVA ni le bilan.

Pour qui : Les professionnels libéraux à l'aise avec la comptabilité, qui préfèrent ne payer que pour les modules dont ils ont réellement besoin.

Prix : de 8 € HT/mois (compta simplifiée seule) à 24,94 € HT/mois avec les modules déclarations, hors options de facturation.

Freebe

Freebe est un logiciel de gestion pensé pour les freelances et indépendants, avec une déclaration Urssaf incluse, mais sans production de bilan ni de liasse fiscale.

Pour qui : Les professionnels libéraux en micro-entreprise qui veulent un outil simple pour facturer et suivre leurs cotisations, sans avoir besoin de bilan.

Prix : 15 € TTC/mois pour la micro-entreprise, jusqu'à 45 € HT/mois pour une société.

Les spécificités comptables de la profession libérale

Pour choisir le bon outil, il est essentiel de comprendre les obligations comptables et fiscales qui encadrent les professions libérales.

Le régime du BNC et la comptabilité de trésorerie

Contrairement aux commerçants qui suivent une comptabilité d'engagement, la grande majorité des professions libérales dépendent du régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC) et tiennent une comptabilité de trésorerie. Cela signifie que les recettes sont enregistrées le jour de leur encaissement effectif et les dépenses le jour de leur décaissement bancaire. Un bon logiciel doit donc être capable de se synchroniser parfaitement avec votre compte bancaire pour automatiser ce suivi au jour le jour.

La déclaration 2035 et les charges Urssaf

Dès lors que vous franchissez les seuils de la micro-entreprise ou que vous optez pour le régime réel, vous devez souscrire chaque année une déclaration fiscale n°2035. 

Cette déclaration détermine le bénéfice net qui servira de base de calcul pour vos impôts et pour vos cotisations sociales (Urssaf, caisse de retraite dédiée comme la CARMF pour les médecins ou la CIPAV). La gestion de ces appels de cotisations provisionnels et de leurs régularisations est complexe et requiert souvent l'œil expert d'une équipe comptable pour éviter les mauvaises surprises de trésorerie.

La distinction entre notes d'honoraires et factures ordinaires

Les professionnels libéraux n'émettent pas de simples factures, mais des notes d'honoraires. Pour certaines professions réglementées, ces documents doivent faire mention d'obligations spécifiques (numéro d'inscription à l'Ordre, mentions liées à l'adhésion à une Association de Gestion Agréée ou AGA, etc.). Votre outil de facturation doit impérativement intégrer ces particularités réglementaires pour garantir la conformité de vos écrits.

Logiciel seul ou cabinet comptable : quelle option choisir ?

Le choix entre un logiciel autonome et un cabinet comptable en ligne dépend du niveau de sécurité que vous recherchez et du temps que vous êtes prêt à consacrer à vos chiffres.

• Le logiciel seul (ex : Freebe, Macompta.fr, Tiime) : cette option est économique (souvent entre 0 € et 30 € HT/mois). Elle convient parfaitement pour automatiser la saisie et émettre ses notes d'honoraires. Toutefois, le logiciel ne valide pas vos choix fiscaux. Si vous déduisez une dépense personnelle par erreur, l'administration fiscale se retournera contre vous, sans aucune couverture d'assurance professionnelle.
• Le cabinet comptable en ligne (ex : Swapn, L-Expert-Comptable.com) : c'est la solution de sérénité. Pour un tarif mensuel maîtrisé (dès 29 € HT/mois chez Swapn), des professionnels s'occupent de vérifier votre compatibilité, de télétransmettre votre déclaration 2035 et de certifier vos comptes. De plus, vous bénéficiez de conseils précieux pour optimiser vos frais professionnels ou arbitrer entre rémunération et dividendes.

Réforme de la facturation électronique : ce que ça change pour les professions libérales

La réforme de la facturation électronique va modifier en profondeur les habitudes administratives des professions libérales. À terme, l'envoi de simples fichiers PDF par e-mail ou l'impression de factures papier seront interdits pour les échanges entre professionnels établis en France.

Toutes les factures devront transiter par une plateforme officielle : soit le Portail Public de Facturation (PPF), soit une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) ou un Opérateur de Dématérialisation (OD). L'objectif est de permettre à l'administration fiscale de collecter les données de facturation en temps réel.

Pour les professions libérales, il est impératif de choisir dès maintenant un outil prêt pour cette transition. Des outils comme Tiime sont déjà enregistrés en tant que Plateforme Agréée auprès de la DGFiP (en propre), garantissant une transition transparente et sans surcoût pour l'utilisateur, ce qui n'est pas le cas de solutions plus anciennes ou non connectées comme Comptastar.

FAQ sur les logiciels comptables pour professions libérales

Qu'est-ce que le régime BNC pour une profession libérale ?

Le régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC) s'applique aux personnes qui exercent une activité professionnelle non commerciale, à titre individuel ou comme associés de certaines sociétés. Il s'agit de la catégorie fiscale de référence pour les professions libérales.

Une profession libérale est-elle obligée d'avoir un expert-comptable ?

Légalement, non. Rien ne vous interdit de tenir votre comptabilité vous-même ou d'utiliser un logiciel autonome. Cependant, confier votre dossier à un cabinet en ligne comme Swapn ou L-Expert-Comptable.com vous évite des erreurs matérielles lourdes de conséquences et vous fait économiser de nombreuses heures de travail administratif chaque mois.

Quelle est la différence entre une facture et une note d'honoraires ?

Sur le fond, l'objectif est le même : réclamer le paiement d'une prestation. Sur la forme, la note d'honoraires est le terme consacré pour les professions libérales (médical, juridique, conseil). Elle obéit parfois à des mentions déontologiques spécifiques propres à chaque Ordre professionnel.

Qu'est-ce que la déclaration 2035 ?

C'est la déclaration fiscale annuelle obligatoire pour toutes les professions libérales soumises au régime réel de la déclaration contrôlée. Elle récapitule l'ensemble des recettes encaissées et des dépenses décaissées sur l'année civile pour dégager le bénéfice imposable.

Les micro-entrepreneurs en profession libérale peuvent-ils souscrire chez Swapn ou L-Expert-Comptable.com ?

Non, les offres d'accompagnement comptable de Swapn et de L-Expert-Comptable.com ne sont pas éligibles au statut de la micro-entreprise. En revanche, ces deux structures peuvent vous accompagner gratuitement et efficacement si vous souhaitez créer une société (SASU, EURL) ou si vous quittez le régime de la micro-entreprise pour passer au régime réel.

Comment fonctionne la comptabilité de trésorerie ?

Elle consiste à comptabiliser uniquement les flux réels d'argent. Une recette est enregistrée lorsque le client paye (et non à l'émission de la note d'honoraires) et une charge est comptabilisée au moment où l'argent quitte votre compte bancaire. C'est la méthode par défaut et la plus simple pour les professions libérales.

Quel est l'impact de la facturation électronique sur mes prestations de santé ?

Si vous facturez exclusivement des particuliers (B2C) ou si vos actes sont exonérés de TVA en vertu du Code général des impôts (comme la majorité des professions médicales et paramédicales), vous ne serez pas soumis à l'obligation d'émission de factures électroniques vers vos patients. En revanche, vous devrez obligatoirement être en mesure de recevoir les factures électroniques de vos propres fournisseurs (loyers, abonnements logiciels, matériel médical) via une plateforme connectée.

Sources & Références

• Economie.gouv.fr - Impôt sur le revenu : BIC, BNC, comment ça marche ?
• Economie.gouv.fr - Tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises, DGFiP