L-Expert-Comptable.com, qu'est-ce que c'est ?

L-Expert-Comptable.com est un cabinet d'expertise comptable en ligne, membre de l’Ordre des Experts-Comptables. Nous accompagnons les entrepreneurs dans la création et la gestion de leur entreprise, sans engagement, avec des outils digitaux performants et un suivi humain.

Quels sont les services proposés par un expert-comptable en ligne ?

Tenue de la comptabilité, gestion fiscale et sociale, création d'entreprise, rédaction des statuts, suivi des devis et factures, bilans, outils de gestion en ligne, accompagnement personnalisé, etc.

Quels sont les tarifs de L-Expert-Comptable.com ?

L'accompagnement comptable est proposé à partir de 39€ par mois, sans engagement. La création d'entreprise est gratuite.

Top 5 des logiciels comptables pour secrétaire indépendante

L'article en bref

Tiime : logiciel de facturation illimitée avec offre gratuite complète, une bonne base à compléter par un expert-comptable.
Swapn : comptabilité en ligne dès 29 € HT/mois, sans engagement, pour les secrétaires indépendantes en société qui veulent déléguer.
L-Expert-Comptable.com : votre comptable dédié qui surveille le franchissement du seuil de TVA et sécurise votre statut, dès 39 € HT/mois, sans engagement.
Point de vigilance sur le seuil de TVA : la plupart des secrétaires indépendantes démarrent en franchise de TVA, mais un dépassement du seuil en cours d'année impose de facturer la TVA dès la facture qui fait franchir ce seuil, sans délai de tolérance.
Coût du logiciel pour une secrétaire indépendante : le prix varie de 0 € à 109 € HT/mois, en fonction du franchissement des seuils de TVA, du statut juridique et de l'accompagnement humain inclus.

Confiez votre comptabilité

Mis à jour le 15 août 2026

5 min

Sommaire

Votre comptabilité à partir de 39€ HT par mois, sans engagement !

Je confie ma compta

Votre comptabilité par des pros, à partir de 39€ HT par mois !

Prendre RDV !

Tableau comparatif des logiciels pour secrétaire indépendante

Solution	Type	Tarif mensuel HT	Suivi des seuils de TVA	Bilan & liasse fiscale	Accompagnement humain	Nombre d'avis
Tiime	Logiciel de facturation et pré-comptabilité	0 € à 24,99 €	✅ Avec cabinet d'expertise comptable	Avec l'offre Business ✅	✅ Support client (tél, mail, chat) dès l'offre gratuite	4,8/5 Google (2 600+ avis)
Swapn	Comptabilité en ligne	Dès 29 €, sans engagement	✅ Suivi assuré par l'équipe comptable	✅ Inclus	✅ Assistance de ses comptables (tél, visio, chat, e-mail), réponse sous 24h	5/5 Google (800+ avis), 4,9/5 Trustpilot (372+ avis)
L-Expert-Comptable.com	Cabinet comptable en ligne	De 39 € à 69 € selon activité, sans engagement	✅ Anticipé par le comptable dédié	✅ Inclus, certifié par un Expert-Comptable	✅ Comptable dédié (tél, visio, e-mail), réponse sous 24h	4,8/5 Google (1 400+ avis), 4,6/5 Trustpilot (520+ avis)
Indy	Logiciel comptable tout-en-un	De 0 € à 59 € selon statut	Aucune alerte automatique	⚠️ Réservé à l'offre Premium (49-59 € HT/mois)	Option expert-comptable en supplément (+59 €/mois)	4,8/5 Trustpilot (14 000+ avis)
Abby	Logiciel de facturation	0 € à 39 € HT/mois (hors promo)	Aucune alerte automatique	❌ Non proposé	Export pour expert-comptable externe uniquement	4,8/5 (avis vérifiés)

*Tarifs mensuels constatés sur le marché en août 2026.

Zoom sur les solutions adaptées aux secrétaires indépendantes

Une secrétaire indépendante facture le plus souvent des prestations récurrentes (suivi de missions, forfaits mensuels), en micro-entreprise dans la grande majorité des cas. Le point sensible n'est pas la complexité de la facturation, mais la surveillance du seuil de franchise de TVA, un seuil que beaucoup dépassent sans s'en rendre compte.

Tiime

Tiime permet d'éditer des devis et factures de prestations en illimité, dès son offre gratuite, avec la possibilité de dupliquer facilement une facture récurrente d'un mois sur l'autre. Il ne surveille cependant pas automatiquement le franchissement du seuil de franchise de TVA.

Avantages	Inconvénients
✅ Facturation illimitée dès l'offre gratuite, factures récurrentes duplicables en un clic	❌ Ne surveille pas le franchissement du seuil de franchise de TVA
✅ Plateforme Agréée DGFiP en propre	❌ Ne produit pas de bilan ni de liasse fiscale
✅ Transmission des justificatifs en temps réel à un expert-comptable	❌ Pas de conseil sur le choix du statut

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes en micro-entreprise qui veulent un outil de facturation économique, à compléter par un comptable en cas de besoin.

Prix : de 0 € HT/mois (Free) à 24,99 € HT/mois (Business).

Swapn

Swapn est une comptabilité en ligne pensée pour les secrétaires indépendantes en société ou en EI au régime réel, qui veulent gagner en autonomie sans avoir à surveiller elles-mêmes le franchissement du seuil de TVA.

Avantages	Inconvénients
✅ Assistance de ses comptables incluse dès 29 € HT/mois, sans engagement	❌ Micro-entreprise non éligible à l'accompagnement comptable
✅ Suivi des seuils de TVA et bilan inclus, sans module à ajouter	❌ Fonctionnement en équipe, pas de comptable unique attitré
✅ Facturation illimitée via Tiime	❌ Tiime facturé en supplément après les 6 mois offerts

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes en société (EURL, SASU) ou en EI au régime réel qui veulent déléguer la partie déclarative à un tarif accessible.

Prix : dès 29 € HT/mois, sans engagement. L'application Tiime Smart est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

L-Expert-Comptable.com

Un comptable dédié qui anticipe le franchissement du seuil de franchise de TVA et vous alerte avant que la bascule ne devienne obligatoire, un sujet fréquent chez les secrétaires indépendantes dont l'activité se développe d'année en année.

Avantages	Inconvénients
✅ Comptable dédié qui surveille vos seuils de TVA et sécurise la transition	❌ Micro-entreprise non éligible à l'accompagnement comptable
✅ Bilan, choix du statut et optimisation de la rémunération inclus	❌ Tarif plus élevé qu'un logiciel seul
✅ Application Tiime incluse pour la facturation courante	❌ Tiime facturé en supplément après les 6 mois offerts

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes qui approchent ou dépassent le seuil de franchise de TVA, et préfèrent confier leur comptabilité à un comptable dédié plutôt que de la gérer seules.

Prix : de 39 € HT/mois (BNC sans TVA) à 69 € HT/mois (BNC avec TVA), sans engagement. L'application Tiime Smart est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

Indy

Indy automatise la saisie comptable. Il réserve toutefois le bilan et la liasse fiscale à l'offre Premium, et ne surveille pas nativement le franchissement du seuil de TVA.

Avantages	Inconvénients
✅ Interface pensée pour les non-comptables	❌ Bilan et liasse fiscale réservés à l'offre Premium
✅ Offre gratuite dès l'entrée en micro-entreprise	❌ Pas d'expert-comptable inclus, option en supplément (+59 €/mois)
✅ Bonne synchronisation bancaire	❌ Non habilité à conseiller sur le choix du statut

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes en micro-entreprise à l'aise en autonomie, qui veulent uniquement un outil de facturation et de suivi.

Prix : de 0 € à 19 € HT/mois en auto-entreprise, jusqu'à 59 € HT/mois en société (Premium).

Abby

Abby est un logiciel de facturation qui couvre les besoins de base d'une secrétaire indépendante en micro-entreprise, sans module de comptabilité complète.

Avantages	Inconvénients
✅ Facturation illimitée dès le gratuit	❌ Pas de bilan ni de liasse fiscale, sur aucune offre
✅ Tarifs hors promo lisibles	❌ Micro avec TVA : plancher à 19 € HT/mois

Pour qui ? Les secrétaires en micro-entreprise sans TVA qui cherchent uniquement un outil de facturation basique.

Prix : de 0 € à 39 € HT/mois hors promo. Les prix soldés affichés en avant ne doivent jamais servir de référence.

Les spécificités comptables du secrétariat indépendant

Le régime micro-BNC et le franchissement du seuil de TVA

L'activité de secrétariat indépendant relève des bénéfices non commerciaux (BNC), avec un régime micro-BNC accessible tant que le chiffre d'affaires reste sous 83 600 € par an. Le point sensible est ailleurs : la franchise en base de TVA s'arrête, elle, à 37 500 € pour les prestations de services (41 250 € en seuil de tolérance). Ces deux seuils sont indépendants, et beaucoup de secrétaires indépendantes découvrent le dépassement du seuil de TVA après coup, sans avoir eu le temps d'ajuster leurs devis.

Le risque de requalification en salariat déguisé

Travailler exclusivement pour un seul client, avec des horaires fixes et des consignes proches d'un lien de subordination, expose à une requalification en salariat déguisé. C'est une problématique fréquente pour les secrétaires en télésecrétariat qui enchaînent des missions récurrentes avec peu de clients. Diversifier son portefeuille et formaliser chaque mission par un contrat ou un devis reste la meilleure protection.

Les frais professionnels déductibles et l'assurance RC Pro

Même si aucun ordre professionnel n'encadre le métier, une secrétaire indépendante engage sa responsabilité contractuelle en cas d'erreur de saisie ou de retard sur une mission facturée à un client. Une assurance responsabilité civile professionnelle (RC Pro), bien que non obligatoire pour cette activité, reste recommandée.

Sur le plan comptable, cette prime constitue une charge déductible, au même titre que le matériel informatique, les licences des logiciels de bureautique et de facturation, ou encore les frais de formation continue.

Les points comptables du secrétariat indépendant

Logiciel seul ou cabinet comptable : quelle option ?

Le choix dépend surtout de la proximité avec le seuil de franchise de TVA et du statut juridique.

Option	Profil & Situation	Solution & Tarif
Logiciel seul (+ aide ponctuelle)	Secrétaire en micro-entreprise, largement sous le seuil de franchise de TVA.	Tiime (facturation courante, à compléter par un comptable en cas de doute)
Assistance comptable	Approche du seuil de TVA ou passage en société.	Swapn (assistance de ses comptables dès 29 € HT/mois, sans engagement)
Comptable dédié	Franchissement du seuil de TVA déjà acté, ou choix du statut à arbitrer.	L-Expert-Comptable.com (comptable dédié, dès 39 € HT/mois, sans engagement)

Facturation électronique : ce que ça change pour les secrétaires indépendantes

Une secrétaire indépendante facture aussi bien des professionnels (TPE, professions libérales) que, parfois, des particuliers. Seule la part de son activité en B2B entre dans le champ de la réforme de la facturation électronique :

1er septembre 2026 : toute secrétaire indépendante doit pouvoir recevoir des factures électroniques de ses fournisseurs (logiciels, matériel informatique, assurance RC Pro).
1er septembre 2027 : les plus petites structures devront émettre leurs propres factures électroniques structurées pour leurs clients professionnels établis en France. Les missions facturées à des particuliers restent hors du champ de cette obligation.

Les questions fréquentes sur les logiciels comptables pour secrétaire indépendante

Une secrétaire indépendante en micro-entreprise a-t-elle besoin d'un logiciel comptable ?

Pas d'un logiciel de comptabilité complète : un simple outil de facturation avec suivi des recettes suffit tant qu'elle reste en micro-BNC, la comptabilité se limitant à un livre des recettes.

Quel régime fiscal pour une secrétaire indépendante ?

L'activité relève des bénéfices non commerciaux (BNC), le plus souvent sous le régime micro-BNC tant que le chiffre d'affaires reste sous 83 600 € par an.

À partir de quel chiffre d'affaires une secrétaire indépendante doit-elle facturer la TVA ?

Dès que son chiffre d'affaires dépasse le seuil de franchise de TVA fixé à 37 500 € pour les prestations de services, ou immédiatement en cas de dépassement du seuil de tolérance à 41 250 €.

Quel est le prix d'un logiciel comptable pour secrétaire indépendante ?

Le prix varie de 0 € à 109 € HT/mois selon le franchissement des seuils de TVA, le statut juridique et le niveau d'accompagnement humain souhaité.

Une secrétaire indépendante peut-elle travailler pour un seul client ?

C'est possible, mais cela expose à un risque de requalification en salariat déguisé si le lien de subordination est trop marqué. Diversifier ses clients limite ce risque.

Faut-il un comptable pour une secrétaire en micro-entreprise ?

Pas obligatoirement. Un accompagnement devient surtout utile lors du franchissement du seuil de TVA ou du passage en société.

Comment choisir entre logiciel et cabinet comptable en tant que secrétaire indépendante ?

Un logiciel seul convient en micro-entreprise, loin du seuil de TVA. Un cabinet comptable, comme Swapn dès 29 € HT/mois ou L-Expert-Comptable.com dès 39 € HT/mois, devient pertinent dès que ce seuil approche ou que le statut doit évoluer.