Top 5 des logiciels comptables pour secrétaire indépendante

Tableau comparatif des logiciels pour secrétaire indépendante

*Tarifs mensuels constatés sur le marché en août 2026.

Zoom sur les solutions adaptées aux secrétaires indépendantes

Une secrétaire indépendante facture le plus souvent des prestations récurrentes (suivi de missions, forfaits mensuels), en micro-entreprise dans la grande majorité des cas. Le point sensible n'est pas la complexité de la facturation, mais la surveillance du seuil de franchise de TVA, un seuil que beaucoup dépassent sans s'en rendre compte.

Tiime

Tiime permet d'éditer des devis et factures de prestations en illimité, dès son offre gratuite, avec la possibilité de dupliquer facilement une facture récurrente d'un mois sur l'autre. Il ne surveille cependant pas automatiquement le franchissement du seuil de franchise de TVA.

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes en micro-entreprise qui veulent un outil de facturation économique, à compléter par un comptable en cas de besoin.

Prix : de 0 € HT/mois (Free) à 24,99 € HT/mois (Business).

Swapn

Swapn est une comptabilité en ligne pensée pour les secrétaires indépendantes en société ou en EI au régime réel, qui veulent gagner en autonomie sans avoir à surveiller elles-mêmes le franchissement du seuil de TVA.

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes en société (EURL, SASU) ou en EI au régime réel qui veulent déléguer la partie déclarative à un tarif accessible.

Prix : dès 29 € HT/mois, sans engagement. L'application Tiime Smart est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

L-Expert-Comptable.com

Un comptable dédié qui anticipe le franchissement du seuil de franchise de TVA et vous alerte avant que la bascule ne devienne obligatoire, un sujet fréquent chez les secrétaires indépendantes dont l'activité se développe d'année en année.

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes qui approchent ou dépassent le seuil de franchise de TVA, et préfèrent confier leur comptabilité à un comptable dédié plutôt que de la gérer seules.

Prix : de 39 € HT/mois (BNC sans TVA) à 69 € HT/mois (BNC avec TVA), sans engagement. L'application Tiime Smart est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

macompta.fr

macompta.fr est un logiciel de comptabilité en ligne à la carte : chaque module se souscrit séparément. Il couvre la tenue courante, les déclarations et la facturation, sans comptable inclus. Point notable pour une secrétaire indépendante : l'éditeur est lui-même plateforme agréée DGFiP, la conformité à la facturation électronique est donc native.

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes à l'aise avec la comptabilité, qui veulent tenir leurs écritures elles-mêmes au coût le plus bas et acceptent de payer les déclarations en option.

Prix : 7,04 € HT/mois en comptabilité simplifiée et 15,40 € HT/mois en comptabilité complète (engagement annuel), soit 8 € et 17,50 € en mensuel. Module Déclarations fiscales à partir de 8,75 € HT/mois.

EBP Compta Libérale

EBP Compta Libérale est un logiciel d'éditeur destiné aux professions libérales en BNC. Il établit et télédéclare la 2035, avec des liasses agréées DGFiP au format EDI. C'est la solution la plus complète de cette sélection sur le volet déclaratif, mais aussi la plus lourde pour une activité de secrétariat.

Pour qui ? Les secrétaires indépendantes en BNC au régime réel qui veulent produire leur 2035 elles-mêmes, sans passer par un cabinet.

Prix : sur devis, selon les modules et le mode de déploiement (local ou cloud).
 

Les spécificités comptables du secrétariat indépendant

Le régime micro-BNC et le franchissement du seuil de TVA

L'activité de secrétariat indépendant relève des bénéfices non commerciaux (BNC), avec un régime micro-BNC accessible tant que le chiffre d'affaires reste sous 83 600 € par an. Le point sensible est ailleurs : la franchise en base de TVA s'arrête, elle, à 37 500 € pour les prestations de services (41 250 € en seuil de tolérance). Ces deux seuils sont indépendants, et beaucoup de secrétaires indépendantes découvrent le dépassement du seuil de TVA après coup, sans avoir eu le temps d'ajuster leurs devis.

Le risque de requalification en salariat déguisé

Travailler exclusivement pour un seul client, avec des horaires fixes et des consignes proches d'un lien de subordination, expose à une requalification en salariat déguisé. C'est une problématique fréquente pour les secrétaires en télésecrétariat qui enchaînent des missions récurrentes avec peu de clients. Diversifier son portefeuille et formaliser chaque mission par un contrat ou un devis reste la meilleure protection.

Les frais professionnels déductibles et l'assurance RC Pro

Même si aucun ordre professionnel n'encadre le métier, une secrétaire indépendante engage sa responsabilité contractuelle en cas d'erreur de saisie ou de retard sur une mission facturée à un client. Une assurance responsabilité civile professionnelle (RC Pro), bien que non obligatoire pour cette activité, reste recommandée.

Sur le plan comptable, cette prime constitue une charge déductible, au même titre que le matériel informatique, les licences des logiciels de bureautique et de facturation, ou encore les frais de formation continue.

Logiciel seul ou cabinet comptable : quelle option ?

Le choix dépend surtout de la proximité avec le seuil de franchise de TVA et du statut juridique.

Facturation électronique : ce que ça change pour les secrétaires indépendantes

Une secrétaire indépendante facture aussi bien des professionnels (TPE, professions libérales) que, parfois, des particuliers. Seule la part de son activité en B2B entre dans le champ de la réforme de la facturation électronique :

• 1er septembre 2026 : toute secrétaire indépendante doit pouvoir recevoir des factures électroniques de ses fournisseurs (logiciels, matériel informatique, assurance RC Pro).
• 1er septembre 2027 : les plus petites structures devront émettre leurs propres factures électroniques structurées pour leurs clients professionnels établis en France. Les missions facturées à des particuliers restent hors du champ de cette obligation.

Les questions fréquentes sur les logiciels comptables pour secrétaire indépendante

Une secrétaire indépendante en micro-entreprise a-t-elle besoin d'un logiciel comptable ?

Pas d'un logiciel de comptabilité complète : un simple outil de facturation avec suivi des recettes suffit tant qu'elle reste en micro-BNC, la comptabilité se limitant à un livre des recettes.

Quel régime fiscal pour une secrétaire indépendante ?

L'activité relève des bénéfices non commerciaux (BNC), le plus souvent sous le régime micro-BNC tant que le chiffre d'affaires reste sous 83 600 € par an.

À partir de quel chiffre d'affaires une secrétaire indépendante doit-elle facturer la TVA ?

Deux cas à distinguer. Si le chiffre d'affaires dépasse 37 500 € sans atteindre 41 250 €, la franchise prend fin le 1er janvier suivant. Au-delà de 41 250 €, la TVA s'applique dès la facture qui franchit ce seuil.

Quel est le prix d'un logiciel comptable pour secrétaire indépendante ?

Le prix varie de 0 € à 69 € HT/mois selon le franchissement des seuils de TVA, le statut juridique et le niveau d'accompagnement humain souhaité.

Une secrétaire indépendante peut-elle travailler pour un seul client ?

C'est possible, mais cela expose à un risque de requalification en salariat déguisé si le lien de subordination est trop marqué. Diversifier ses clients limite ce risque.

Faut-il un comptable pour une secrétaire en micro-entreprise ?

Pas obligatoirement. Un accompagnement devient surtout utile lors du franchissement du seuil de TVA ou du passage en société.

Comment choisir entre logiciel et cabinet comptable en tant que secrétaire indépendante ?

Un logiciel seul convient en micro-entreprise, loin du seuil de TVA. Un cabinet comptable, comme Swapn dès 29 € HT/mois ou L-Expert-Comptable.com dès 39 € HT/mois, devient pertinent dès que ce seuil approche ou que le statut doit évoluer.

Sources & Références

• Economie.gouv.fr - Entreprises : pouvez-vous bénéficier de la franchise de TVA ?
• Service-Public.fr - Franchise en base de TVA