Quel logiciel comptable choisir en e-commerce ?

L'article en bref

  • Tiime : logiciel de facturation et pré-comptabilité, avec une offre gratuite complète, idéal en complément d'un expert-comptable.
  • Swapn : comptabilité en ligne dès 29 € HT/mois, sans engagement, pour les e-commerçants en société qui veulent déléguer.
  • L-Expert-Comptable.com : votre comptable dédié qui sait gérer la TVA sur une clientèle répartie dans plusieurs pays et suivre la valorisation de vos stocks, dès 69 € HT/mois, sans engagement.
  • Point de vigilance sur la TVA : dès que vos ventes à distance vers des particuliers de l'Union européenne dépassent 10 000 € HT par an, vous devez facturer la TVA du pays du client et non plus la TVA française, via le guichet unique OSS.
  • Coût du logiciel pour un e-commerçant : le prix varie de 0 € à 149 € HT/mois, en fonction de la gestion de la TVA multi-pays, du suivi des stocks et de l'accompagnement humain inclus.
Mis à jour le 16 août 2026
4 min

Sommaire

Votre comptabilité à partir de 39€ HT par mois, sans engagement !

Je confie ma compta

Votre comptabilité par des pros, à partir de 39€ HT par mois !

Prendre RDV !

Tableau comparatif des logiciels pour e-commerce

Solution

Type

Tarif mensuel HT

TVA

Bilan & liasse fiscale

Accompagnement humain

Nombre d'avis

TiimeLogiciel de facturation et pré-comptabilité0 € à 24,99 €🚨 Pour déclarer votre TVA depuis Tiime, vous devez être rattaché à un cabinet d'expertise comptable ayant activé cette fonctionnalité.Avec l'offre business ✅✅ Support client (tél, mail, chat) dès l'offre gratuite4,8/5 Google (2 600+ avis)
SwapnComptabilité en ligneDès 29 €, sans engagement✅ Géré, y compris la bascule vers le guichet unique OSS✅ Inclus✅ Assistance de ses comptables (tél, visio, chat, e-mail), réponse sous 24h5/5 Google (800+ avis), 4,9/5 Trustpilot (372+ avis)
L-Expert-Comptable.comCabinet comptable en ligneDe 69 € à 109 € selon activité, sans engagement✅ Géré par le comptable dédié, y compris OSS/IOSS✅ Inclus, certifié par un Expert-Comptable✅ Comptable dédié (tél, visio, e-mail), réponse sous 24h4,8/5 Google (1 400+ avis), 4,6/5 Trustpilot (520+ avis)
A2XLogiciel métier de synchronisation comptableDès 25 €❌ Ne gère pas la déclaration de TVA❌ Non proposé❌ Support éditeur, pas de comptableAvis variables selon la plateforme
AbbyLogiciel de facturation0 € à 39 € HT/mois (hors promo)❌ Ne gère pas la bascule vers le guichet unique OSS❌ Aucun, sur aucune offre❌ Aucun4,8/5 (avis vérifiés)
IndyLogiciel comptable tout-en-unDe 0 € à 59 € selon statut⚠️ Gérable, TVA en EDI sur l'offre Premium⚠️ Réservé à l'offre Premium (49-59 € HT/mois)❌ Option expert-comptable en supplément (+59 €/mois)4,8/5 Trustpilot (14 000+ avis)

*Tarifs mensuels constatés sur le marché en août 2026.

Zoom sur les solutions adaptées à l'e-commerce

Contrairement à la plupart des indépendants, un e-commerçant vend des marchandises et non des prestations intellectuelles : il doit donc suivre un stock, encaisser via des plateformes de paiement et des marketplaces, et gérer une TVA qui varie selon le pays du client. Ce sont trois sujets qu'un logiciel de facturation généraliste ne couvre pas toujours.

Tiime

Tiime permet d'éditer des factures conformes, en illimité, dès son offre gratuite. Avec l'offre Business, il permet aussi de produire un bilan et une liasse fiscale.

Avantages

Inconvénients

✅ Facturation illimitée dès l'offre gratuite🚨 Pour déclarer votre TVA depuis Tiime, vous devez être rattaché à un cabinet d'expertise comptable ayant activé cette fonctionnalité
✅ Bilan et liasse fiscale disponibles avec l'offre Business❌ Ne gère pas la ventilation de TVA par pays de destination (OSS)
✅ Transmission des justificatifs en temps réel à un expert-comptable❌ Ne suit pas la valorisation des stocks

Pour qui ? Les e-commerçants en micro-entreprise ou en début d'activité qui veulent un outil de facturation économique, à compléter par un comptable.

Prix : de 0 € HT/mois (Free) à 24,99 € HT/mois (Business).

Swapn

Swapn est une comptabilité en ligne pensée pour les e-commerçants en société qui veulent gagner en autonomie sans gérer seuls la partie déclarative, y compris le passage au guichet unique OSS dès que le seuil européen est dépassé.

Avantages

Inconvénients

✅ Assistance de ses comptables incluse dès 29 € HT/mois, sans engagement❌ Micro-entreprise non éligible à l'accompagnement comptable
✅ TVA et bilan inclus, sans module à ajouter❌ Fonctionnement en équipe, pas de comptable unique attitré
✅ Facturation illimitée via Tiime 

Pour qui ? Les e-commerçants en société (EURL, SASU) qui veulent déléguer la partie déclarative à un tarif accessible.

Prix : dès 29 € HT/mois, sans engagement. L'application Tiime Smart est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

L-Expert-Comptable.com

Un comptable dédié qui vous accompagne dans le passage au guichet unique OSS, sécurise la valorisation de vos stocks et fait le lien entre les rapports de vos marketplaces et votre comptabilité.

Avantages

Inconvénients

✅ Comptable dédié qui maîtrise la TVA multi-pays (OSS/IOSS) et la valorisation des stocks❌ Micro-entreprise non éligible à l'accompagnement comptable
✅ Bilan, suivi de trésorerie et conseils fiscaux inclus❌ Tarif plus élevé qu'un logiciel seul
✅ Application Tiime incluse pour la facturation courante 

Pour qui ? Les e-commerçants qui vendent dans plusieurs pays de l'UE et préfèrent confier leur comptabilité à un comptable dédié plutôt que de la gérer seuls.

Prix : de 69 € HT/mois à 109 € HT/mois selon la complexité de l'activité (nombre de canaux de vente, présence de stock), sans engagement. L'application Tiime Smart est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

A2X

A2X est un logiciel métier de synchronisation comptable qui décompose automatiquement les versements Amazon et Shopify (ventes, frais, remboursements) et les transmet à un logiciel comptable. Il ne s'agit toutefois pas d'un outil de comptabilité complète ni d'une solution française.

Avantages

Inconvénients

✅ Rapprochement automatique des versements marketplace avec les ventes enregistrées❌ Ne produit ni bilan comptable, ni liasse fiscale
✅ Décomposition fine des frais de plateforme (commissions, frais de stockage, publicité)❌ Ne gère pas la déclaration de TVA française
✅ Compatible avec plusieurs marketplaces internationales❌ Contrairement à L-Expert-Comptable.com ou Swapn, A2X est un logiciel, pas un cabinet ; il n'est pas habilité à vous conseiller fiscalement

Pour qui ? Les e-commerçants qui vendent sur plusieurs marketplaces et veulent fiabiliser le rapprochement comptable, en complément d'un logiciel ou d'un comptable pour la partie fiscale française.

Prix : dès 25 € HT/mois environ.

Abby

Abby est un logiciel de facturation, sans module de gestion de stock ni de TVA multi-pays. Il convient pour la facturation courante d'un e-commerçant en tout début d'activité, mais devra être complété dès que les ventes intra-UE se développent.

Avantages

Inconvénients

✅ Facturation illimitée dès le gratuit❌ Pas de bilan ni de liasse fiscale, sur aucune offre
✅ Tarifs hors promo lisibles❌ Ne gère pas la bascule vers le guichet unique OSS

Pour qui ? Les e-commerçants en micro-entreprise avec une clientèle majoritairement française, qui veulent un outil de facturation basique.

Prix : de 0 € à 39 € HT/mois hors promo. Les prix soldés affichés en avant ne doivent jamais servir de référence.

Indy

Indy automatise la saisie comptable. Il réserve toutefois la TVA en EDI ainsi que le bilan et la liasse fiscale à l'offre Premium.

Avantages

Inconvénients

✅ Interface pensée pour les non-comptables❌ TVA en EDI, bilan et liasse fiscale réservés à l'offre Premium
✅ Bonne synchronisation bancaire❌ Pas d'expert-comptable inclus, option en supplément (+59 €/mois)
✅ Tarifs accessibles pour démarrer❌ Non habilité à gérer une bascule vers le guichet unique OSS

Pour qui ? Les e-commerçants en exercice individuel qui veulent une large autonomie, tant que leur clientèle reste principalement française.

Prix : de 0 € à 59 € HT/mois selon le statut.

Les spécificités comptables de l'e-commerce

Le guichet unique TVA (OSS), un seuil à surveiller de près

Depuis juillet 2021, les ventes à distance vers des particuliers de l'Union européenne obéissent à une règle simple mais souvent mal anticipée : en dessous de 10 000 € HT par an, cumulés sur l'ensemble des pays de l'UE hors la France, la TVA française s'applique normalement. 

Au-delà, c'est la TVA du pays de destination qui devient due sur chaque vente, un taux différent pour l'Allemagne, l'Espagne ou l'Italie. Plutôt que de s'immatriculer dans chaque pays, l'e-commerçant peut opter pour le guichet unique OSS (One Stop Shop), qui centralise la déclaration et le paiement de toute cette TVA européenne en une seule démarche trimestrielle. 

Pour les importations de biens depuis des pays tiers d'une valeur inférieure à 150 €, notamment fréquentes en dropshipping, c'est le régime IOSS qui s'applique, avec ses propres règles.

La gestion et la valorisation des stocks, un sujet propre à la vente de marchandises

  • La spécificité du modèle physique vs dropshipping : la vente en ligne impose le suivi d'un stock physique (ou la gestion comptable spécifique de l'absence de stock en cas de dropshipping).

  • L'impact direct sur le résultat comptable : la valeur du stock arrêtée en fin d'exercice modifie le bénéfice imposable ; elle doit être calculée selon une méthode reconnue (ex. Coût Unitaire Moyen Pondéré - CUMP).

  • Le traitement des pertes et invendus : une dépréciation du stock doit être obligatoirement constatée en comptabilité si des références deviennent obsolètes, abîmées ou invendables.

  • Les limites des CMS e-commerce (Shopify, WooCommerce) : ces outils gèrent les quantités d'articles mais ne recalculent pas automatiquement la valeur comptable des stocks.

  • La nécessité d'un rapprochement régulier : un ajustement périodique est indispensable entre les mouvements physiques réels et leur traduction comptable.

DAC7 : les revenus perçus via une marketplace sont transmis automatiquement au fisc

Depuis 2023, la directive européenne DAC7 impose aux marketplaces de transmettre automatiquement le montant de vos ventes à l'administration fiscale, rendant toute incohérence immédiatement détectable.

Élément clé

Obligations des marketplaces

Impact direct sur le vendeur e-commerce

Périmètre du dispositifTransmettre annuellement au fisc les revenus générés par les vendeurs (Amazon, Cdiscount, Etsy, Vinted, etc.).Transparence totale : le fisc connaît vos revenus avant même la réception de vos déclarations.
Suivi multi-canauxÉmission de rapports d'activité consolidés par plateforme.Obligation de rapprocher l'ensemble des rapports de vente avec la comptabilité déclarée.
Contrôle & détectionTransmission de données chiffrées standardisées.Risque élevé de demande d'éclaircissements ou de vérification en cas d'écart de chiffre d'affaires.
Comptabilité e-commerce

Logiciel seul ou cabinet comptable : quelle option ?

Profil

Solution recommandée

E-commerçant en micro-entreprise, un seul canal de vente, clientèle majoritairement françaiseTiime pour la facturation, à compléter par un comptable au moment des déclarations
E-commerçant en société qui approche ou dépasse le seuil de 10 000 € de ventes intra-UESwapn, assistance de ses comptables dès 29 € HT/mois, sans engagement
E-commerçant multicanal (site + marketplaces) avec gestion de stock complexeL-Expert-Comptable.com, comptable dédié dès 69 € HT/mois, sans engagement
E-commerçant qui vend sur plusieurs marketplaces internationalesA2X en complément d'un comptable, pour fiabiliser le rapprochement des versements

Facturation électronique : ce que ça change pour l'e-commerce

Un e-commerçant qui vend principalement à des particuliers (B2C) reste en grande partie hors du champ direct de la réforme de la facturation électronique, mais plusieurs points restent à anticiper :

  • 1er septembre 2026 : tout e-commerçant doit pouvoir recevoir des factures électroniques de ses fournisseurs professionnels (grossistes, logisticiens, outils logiciels).
  • 1er septembre 2027 : les structures de taille TPE devront émettre leurs propres factures électroniques structurées pour leurs éventuelles ventes à des clients professionnels établis en France (revente B2B, marques en gros).

Les questions fréquentes sur les logiciels comptables pour e-commerce

Quand un e-commerçant doit-il s'inscrire au guichet unique OSS ?

Dès que le total de ses ventes à distance vers des particuliers de l'UE (hors France) dépasse 10 000 € HT par an. En dessous de ce seuil, la TVA française continue de s'appliquer normalement.

Le dropshipping suit-il les mêmes règles de TVA que la vente avec stock ?

Pas exactement. Pour les importations de biens de moins de 150 € en provenance de pays tiers, c'est le régime IOSS qui s'applique, avec ses propres modalités déclaratives, distinctes du guichet OSS classique.

Comment valoriser un stock d'e-commerce en comptabilité ?

Le stock est évalué selon une méthode reconnue, comme le coût unitaire moyen pondéré, et une dépréciation doit être constatée si des produits deviennent invendables. Cette valorisation a un impact direct sur le résultat comptable de l'exercice.

Un e-commerçant peut-il exercer en micro-entreprise ?

Oui, tant que le chiffre d'affaires reste sous les seuils applicables à la vente de marchandises. Attention toutefois : la micro-entreprise n'est pas éligible à l'accompagnement comptable proposé par Swapn ou L-Expert-Comptable.com, ces derniers pouvant en revanche accompagner le passage en société.

Les revenus perçus via Amazon ou une autre marketplace sont-ils connus du fisc ?

Oui. Depuis 2023, les opérateurs de plateforme sont tenus de déclarer chaque année les revenus de leurs vendeurs à l'administration fiscale dans le cadre du dispositif DAC7.

Combien coûte un expert-comptable pour un e-commerçant ?

Le coût varie généralement entre 29 € et 109 € HT par mois selon le nombre de canaux de vente, la présence de stock et la complexité de la TVA à gérer. Chez L-Expert-Comptable.com, l'accompagnement démarre à 69 € HT/mois.

A2X remplace-t-il un logiciel de comptabilité ?

Non. A2X et les outils de synchronisation similaires fiabilisent le rapprochement entre les versements des marketplaces et les ventes enregistrées, mais ne produisent ni déclaration de TVA française, ni bilan : un logiciel comptable ou un comptable dédié reste nécessaire en complément.

Sources & Références

Résumer cet article avec :

  • ChatGPT
  • Perplexity
  • Claude

Questions & réponses

Poser une question

Back to top