Meilleurs logiciels comptables pour un kinésithérapeute

Tableau comparatif des logiciels pour kinésithérapeute

*Tarifs mensuels constatés sur le marché en juillet 2026. 

Zoom sur les solutions adaptées aux kinésithérapeutes

La plupart des actes d'un kinésithérapeute conventionné sont exonérés de TVA, ce qui change complètement l'équation par rapport à d'autres professions libérales. En revanche, la télétransmission des soins à l'Assurance Maladie (SESAM-Vitale) relève d'un circuit entièrement distinct que ni Tiime, ni Swapn, ni L-Expert-Comptable.com ne couvrent : c'est le rôle des logiciels métier comme Doctolib Pro ou Topaze.

Tiime

Tiime permet d'éditer des factures conformes, en illimité, dès son offre gratuite. Pour un kiné, il est surtout utile pour facturer les actes hors nomenclature (Pilates, coaching sportif, ostéopathie) qui, contrairement aux actes de soins remboursés, peuvent être soumis à la TVA.

Pour qui ? Les kinés qui pratiquent des actes hors nomenclature en parallèle des soins conventionnés, en complément d'un logiciel métier et d'un comptable.

Prix : de 0 € HT/mois (Free) à 24,99 € HT/mois (Business).

Swapn

Swapn est un service de comptabilité en ligne pensé pour les kinés en société ou en collaboration qui veulent déléguer la partie déclarative, y compris la gestion des rétrocessions d'honoraires entre praticiens.

Pour qui ? Les kinés en société ou en cabinet de groupe qui veulent déléguer leur comptabilité à un tarif accessible.

Prix : dès 29 € HT/mois, sans engagement. L'application Tiime est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

L-Expert-Comptable.com

Un comptable dédié qui maîtrise les spécificités de la profession (exonération de TVA sur les soins, imposition des actes hors nomenclature, rétrocessions et redevances de collaboration) sécurise des situations où une erreur de qualification peut coûter cher.

Pour qui ? Les kinés en cabinet individuel ou en SCM qui préfèrent confier à un comptable la partie fiscale, souvent mixte entre actes exonérés et imposables.

Prix : de 39 € HT/mois (BNC sans TVA) à 69 € HT/mois selon le régime, sans engagement. L'application Tiime est offerte pendant 6 mois, puis facturée 17,99 € HT/mois, sans engagement.

Doctolib Pro

Doctolib Pro est un logiciel métier utilisé par plus de 17 000 kinésithérapeutes, qui centralise la prise de rendez-vous, le dossier patient, la facturation et la télétransmission SESAM-Vitale. Ce n'est en revanche pas un logiciel de comptabilité : il ne gère ni la TVA, ni le bilan, ni la déclaration de résultat.

Pour qui ? Les kinés qui veulent centraliser agenda, dossier patient et télétransmission, en plus d'un logiciel ou d'un comptable pour la partie fiscale.

Prix : de 69 € HT/mois (Facturation) à 139 € HT/mois (Gestion de patientèle).

Topaze

Topaze est un logiciel métier kiné reconnu depuis plus de 20 ans, centré sur la télétransmission Sesam-Vitale, la gestion des cotations AMK/AMS et le suivi des dossiers patients, avec une application mobile pour les séances à domicile.

Pour qui ? Les kinés qui cherchent un logiciel métier économique et éprouvé pour la télétransmission, en complément d'un outil comptable séparé.

Prix : à partir de 35 € HT/mois.

Indy

Indy est un logiciel comptable qui communique spécifiquement sur son adaptation aux professions de santé, avec une automatisation de la saisie et de la comptabilité d'engagement.

Pour qui ? Les kinés en exercice individuel qui veulent une large autonomie sur la partie comptable, en complément d'un logiciel métier pour la télétransmission.

Prix : de 0 € à 59 € HT/mois selon le statut.

Les spécificités comptables du kinésithérapeute

Une exonération de TVA qui a ses limites

Les soins à finalité thérapeutique dispensés par un kinésithérapeute sont exonérés de TVA (aucun acte remboursé par l'Assurance Maladie n'est taxé). Cette exonération s'arrête toutefois à la frontière du soin : les actes hors nomenclature sans visée thérapeutique (Pilates, coaching sportif, préparation physique) peuvent être soumis à la TVA au taux normal, sous réserve du respect de la franchise en base.

Rétrocessions et redevances entre praticiens : un traitement différencié

Un kinésithérapeute qui exerce avec un remplaçant ou un collaborateur gère deux flux distincts :

• La rétrocession d'honoraires (part des actes reversée), qui suit le régime du soin et reste hors TVA.
• La redevance de collaboration (mise à disposition du cabinet/matériel), qui est en principe soumise à la TVA.

Ne pas distinguer les deux peut conduire à un redressement fiscal.

Deux systèmes d'information à ne pas confondre

La télétransmission SESAM-Vitale à la CPAM (gérée par des logiciels métiers comme Doctolib Pro ou Topaze) est un circuit totalement séparé de la comptabilité. Ces outils métiers ne produisent ni déclaration 2035, ni bilan : la gestion fiscale globale reste du ressort d'un logiciel comptable ou d'un expert-comptable.

Logiciel seul ou cabinet comptable : quelle option ?

Kinésithérapeute en cabinet individuel avec une activité uniquement conventionnée : un logiciel de comptabilité comme Indy, en complément du logiciel métier de télétransmission, est généralement suffisant pour gérer la comptabilité en autonomie.

Kinésithérapeute qui réalise également des actes hors nomenclature soumis à la TVA : il est nécessaire de distinguer les recettes conventionnées des recettes imposables, ce qui complexifie le suivi comptable.

Cabinet de groupe (SCM) ou recours à un remplaçant/collaborateur : la gestion des rétrocessions d'honoraires, des redevances de collaboration, des charges communes et de leur traitement fiscal nécessite souvent l'accompagnement d'un professionnel, des aspects que les logiciels seuls couvrent rarement.

Alternatives avec accompagnement comptable :

• Swapn : assistance de nos comptables à partir de 29 € HT/mois, sans engagement.
• L-Expert-Comptable.com : comptable dédié maîtrisant les spécificités comptables et fiscales des kinésithérapeutes, à partir de 39 € HT/mois, sans engagement.

Facturation électronique : ce qui s'applique réellement aux kinésithérapeutes

Contrairement à une idée reçue, l'exonération de TVA ne sort pas automatiquement un kinésithérapeute du champ de la réforme de la facturation électronique : au sens fiscal, il reste un "assujetti", même s'il n'est pas redevable de la taxe sur ses actes de soins. Dans la pratique, cela se traduit ainsi :

• Les actes de soins remboursés, exonérés de TVA, restent en dehors de l'obligation d'émettre une facture électronique ou un e-reporting : vos notes d'honoraires aux patients ne changent pas, et vos flux de télétransmission SESAM-Vitale ne sont pas concernés par la réforme.
• Les actes hors nomenclature imposables (Pilates, coaching), les redevances de collaboration ou les rétrocessions entre professionnels peuvent en revanche entrer dans le champ de la réforme, selon qu'ils sont facturés à un particulier (e-reporting) ou à un autre professionnel (facturation électronique classique).
• Quelle que soit la part d'activité exonérée, tout cabinet doit être en mesure de recevoir des factures électroniques de ses fournisseurs (matériel, loyer, logiciels) dès le 1er septembre 2026.

En clair, un kiné qui n'a que des actes conventionnés a très peu à changer ; celui qui facture aussi des actes hors nomenclature, une redevance ou une rétrocession doit vérifier au cas par cas si chaque flux entre dans le champ de la réforme.

Questions fréquentes

Un kinésithérapeute facture-t-il la TVA à ses patients ? 

Non, pour les actes de soins à finalité thérapeutique, exonérés au titre de l'article 261-4-1° du CGI. Les actes hors nomenclature sans finalité thérapeutique peuvent en revanche être soumis à la TVA.

La réforme de la facturation électronique concerne-t-elle les kinésithérapeutes ? 

Partiellement. Les actes de soins exonérés restent hors du champ de la réforme, mais les actes hors nomenclature imposables, les redevances de collaboration et la réception des factures fournisseurs sont concernés.

Comment déclarer une rétrocession d'honoraires en SCM ? 

La rétrocession suit le régime fiscal de l'acte de soin sous-jacent : elle reste hors TVA si elle correspond à des actes exonérés. Elle doit néanmoins être correctement enregistrée en charge chez celui qui la verse et en produit chez celui qui la perçoit.

Quel logiciel choisir pour la télétransmission SESAM-Vitale ? 

Doctolib Pro et Topaze sont deux logiciels métier agréés, spécifiquement conçus pour la télétransmission des feuilles de soins électroniques. Aucun des deux ne remplace un logiciel comptable ou un expert-comptable.

Un logiciel métier comme Doctolib ou Topaze remplace-t-il un comptable ? 

Non. Ces outils gèrent la partie clinique et administrative (agenda, dossier patient, télétransmission), mais ne produisent ni déclaration 2035, ni bilan, ni aucun document fiscal.

Quel régime social pour un kinésithérapeute libéral ? 

Un kiné conventionné relève du régime PAMC (praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés) pour la maladie, et cotise à la CARPIMKO pour sa retraite, deux régimes spécifiques aux professions médicales et paramédicales.

Comment facturer des actes hors nomenclature comme le Pilates ou le coaching sportif ? 

Ces actes n'étant pas des soins remboursés, ils sont potentiellement soumis à la TVA. Un logiciel de facturation classique comme Tiime, distinct du logiciel métier de télétransmission, permet de les facturer séparément.

Combien coûte un expert-comptable pour un kinésithérapeute ? 

Le coût varie généralement entre 39 € et 69 € HT par mois selon le régime fiscal et la structure d'exercice. Chez L-Expert-Comptable.com, l'accompagnement démarre à 39 € HT/mois pour les BNC sans TVA.

Sources & Références

• Legifrance : Article 261 du Code général des impôts (exonération des soins, 4-1°)
• BOFiP : TVA - Professions médicales et paramédicales
• Economie.gouv.fr : Tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises