Comptabilité des e-commerce : Notre guide complet (2025)

Temps de lecture : 15 min
L'article en bref
  • La comptabilité d’un e-commerce permet de suivre vos ventes, de maîtriser votre trésorerie et de respecter les obligations fiscales et légales propres à la vente en ligne.
  • La gestion de la TVA et la facturation électronique font partie des obligations à connaître pour assurer la conformité de votre e-commerce.
  • Faire appel à un expert-comptable en ligne peut vous aider à automatiser vos processus et à optimiser la rentabilité de votre activité.
  • Le choix du régime fiscal et comptable (micro-BIC, réel simplifié ou normal) dépend de votre chiffre d’affaires et détermine le niveau de complexité de votre gestion.
  • L’utilisation de logiciels de comptabilité spécialisés simplifie la gestion financière et assure un meilleur suivi des performances.
  • Externaliser la comptabilité d’un site e-commerce permet de gagner du temps et de se concentrer sur la croissance de sa boutique en ligne.
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Guillaume DELEMARLE
Expert-comptable avec plus de 9 ans d'expérience. Spécialisé dans l'accompagnement des TPE et créateurs d'entreprise.
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Sommaire

La comptabilité d’un e-commerce est essentielle pour suivre vos ventes, maîtriser votre trésorerie et rester en conformité avec la fiscalité. Entre la gestion de la TVA, la facturation électronique et les ventes sur plusieurs plateformes, les démarches peuvent vite se complexifier. Un expert-comptable en ligne vous aide à automatiser votre gestion et à vous concentrer sur la gestion de votre entreprise. 

Vous retrouverez dans cet article un guide complet pour gérer la comptabilité de votre e-commerce et connaître toutes vos obligations fiscales et légales. 

Podcast : Croire en son projet e-commerce

Pourquoi la comptabilité est-elle essentielle pour un site e-commerce ?

Garantir la conformité légale

Les entreprises de commerce électronique, qui peuvent avoir des clients dans différents pays, doivent se conformer aux règles fiscales spécifiques à chaque juridiction, notamment en matière de TVA (Taxe sur la Valeur Ajoutée). Une comptabilité bien tenue permet de :

  • calculer et collecter la TVA applicable à chaque transaction ;
  • remplir et déposer les déclarations fiscales dans les délais impartis ;
  • éviter des amendes ou des sanctions en cas de contrôle fiscal ;

C’est pourquoi la tenue de livres comptables est obligatoire : livre journal et grand livre.

Établir les comptes annuels obligatoires pour un e-commerce

À l’instar de toute entreprise, le gérant de e-commerce est tenu de produire les comptes annuels à la fin de l’exercice comptable. Ces derniers relatent le résultat de la période écoulée, et indiquent si l’activité a généré un bénéfice ou un déficit.

Pour ce faire, le e-commerçant doit établir :

  • un bilan comptable, reprenant l’actif et le passif de l’entreprise (stocks, créances clients, dettes, etc.) ;
  • un compte de résultat, qui inventorie les charges (salaires, achats, impôts) et les produits (ventes, intérêts de capitaux placés) ;
  • une annexe légale, apportant un complément d’informations en précisant notamment les méthodes comptables utilisées.

L’établissement des comptes annuels répond à l’obligation légale de transparence financière. Ces documents constituent la projection fidèle et honnête du patrimoine de la société. Ils permettent aux tiers d'étudier la situation financière du e-commerce.

Optimiser la gestion de votre trésorerie et rentabilité

Une gestion rigoureuse de la comptabilité permet d'avoir une vision claire des entrées et sorties d'argent. Cela inclut :

  • la surveillance des paiements clients et des dépenses (achats, frais de publicité, services logistiques) ;
  • la gestion des délais de paiement.

Grâce à ce suivi, l'entreprise peut mieux anticiper les périodes de faiblesses et prendre des mesures proactives, comme la négociation des délais de paiement avec les fournisseurs ou la mise en place de promotions pour booster les ventes.

Améliorer la prise de décision stratégique

La comptabilité fournit des données financières précises qui permettent de suivre les performances de l'entreprise : revenus, marges bénéficiaires, coûts fixes et variables. Ces informations sont essentielles pour :

  • identifier les produits ou catégories les plus rentables ;
  • comprendre les sources de coûts excessifs ou non rentables ;
  • ajuster les stratégies commerciales en fonction des résultats observés. 

Une vision claire des performances aide à prendre des décisions stratégiques sur les produits à promouvoir en adéquation avec les tendances actuelles.

Quelles sont les obligations légales et fiscales de la comptabilité e-commerce ?

Enregistrer et conserver vos factures en ligne

Les entreprises doivent respecter les obligations fiscales concernant la facturation et la conservation des documents comptables. En France, les factures doivent être conservées pendant 10 ans, au format papier ou numérique.

Pour la gestion de la facturation et de la comptabilité de votre e-commerce, deux solutions s’offrent à vous : 

  • Choisir un logiciel de comptabilité : optez pour une solution adaptée à votre activité de e-commerce qui offre des fonctionnalités d'enregistrement et de gestion des factures. Le logiciel Tiime permet de numériser vos factures papier en utilisant l'application de numérisation sur votre smartphone pour créer des copies numériques. Assurez-vous que les fichiers sont clairs et lisibles afin de leur conférer leur valeur probante.
  • Opter pour une plateforme dématérialisée partenaire (PDP), obligatoire dans le cadre de la facturation électronique

Initialement prévue pour 2024, cette réforme entrera finalement en vigueur aux dates suivantes : 

Type d’entrepriseEntrée en vigueur de la facturation électronique
Grandes entreprises / ETI1er septembre 2026
PME et TPE1er septembre 2027

Les professionnels du e-commerce n’échappent pas à la règle et doivent se conformer à ce nouveau modèle de facturation, notamment lorsque leur activité s’exerce en B2B. La facturation électronique vise à simplifier les obligations déclaratives en matière de TVA des entrepreneurs et permet de clarifier les informations transmises à l’administration fiscale.

Ces modalités de facturation s’appliquent également à l’entrepreneur assujetti à la franchise en base de TVA, même s’il n’en est pas redevable. Elles permettent au service des impôts de mieux contrôler les éventuels dépassements de seuil et de lutter efficacement contre la fraude.

La gestion de la TVA en e-commerce

La gestion de la TVA (Taxe sur la Valeur Ajoutée) dans le secteur du e-commerce est un aspect important pour assurer la conformité fiscale et optimiser la rentabilité.

La Loi de finances a introduit de nouvelles règles en matière de TVA pour la vente en ligne de biens adressés aux particuliers entre États membres de l’Union européenne. L’application de la TVA dépend du chiffre d’affaires annuel du vendeur. Depuis le 1er juillet 2021, un seuil unique de 10 000 € est établi pour l’ensemble de l’UE. 

La collecte de la TVA s’opère comme suit :

Situation du e-commerçantApplication de la TVA
Chiffre d’affaires < 10 000 €TVA déclarée dans le pays d’origine du vendeur
Chiffre d’affaires > 10 000 €TVA due dans le pays de l’acheteur 

Le e-commerçant assujetti dispose désormais de l’application OSS (One Stop Shop) ou guichet unique pour choisir un régime simplifié et adapté à son activité parmi les 3 régimes suivants :

  • le régime non-Union ;
  • le régime de l’Union ;
  • le régime d’importation.

Il peut alors effectuer ses déclarations de TVA relatives aux ventes qu’il réalise à distance, sans devoir s’immatriculer dans chaque État membre où résident ses clients.

Comptabilité des e-commerce : Notre guide complet

Choisir le bon régime fiscal et comptable pour votre e-commerce

Le choix du statut juridique impacte directement le régime fiscal et comptable applicable à votre entreprise. 

Voici les principaux statuts adaptés pour un e-commerce. 

Auto-entrepreneur (micro-entreprise) et son régime micro-fiscal

Ce régime est intéressant si votre chiffre d'affaires reste sous les plafonds légaux 188 700 € pour la vente de biens. 

Les micro-entrepreneurs bénéficient d'une comptabilité ultra simplifiée : un livre de recettes suffit, sans obligation de bilan ni de compte de résultat.

Sur le plan fiscal :

  • le micro-entrepreneur peut bénéficier de la franchise en base de TVA, tant que son chiffre d’affaires reste sous 85 000 € HT par an pour une activité de vente en ligne de marchandises ;
  • il est exonéré de déclaration de TVA tant que son chiffre d’affaires annuel est inférieur à ce plafond, mais ne peut pas la déduire sur ses achats.

Choisir le régime comptable adéquat : régime micro-BIC ou régime réel

En sa qualité de personne physique, l’entrepreneur peut également exercer une activité de vente en ligne en entreprise individuelle (EI). Il est alors soumis de plein droit à l’impôt sur le revenu (IR). Dans ce cas, 3 régimes d’imposition peuvent s’appliquer et dépendent du chiffre d’affaires réalisé.

RégimeChiffre d’affaires HT annuelCaractéristiques principales
Micro-BICJusqu’à 188 700 €- Concerne le micro-entrepreneur dont le CA dépasse le plafond de franchise en base de TVA, mais reste inférieur au CA de la micro-entreprise 
- Abattement forfaitaire de 71 % pour frais professionnels
- Pas de déduction réelle des charges
- Aucune déclaration de bénéfices 
- Montant du CA à ajouter sur la déclaration des revenus dans catégorie bénéfices industriels et commerciaux (BIC) 
Réel simplifiéDe 188 700 € à 840 000 €- Déduction des charges réelles (achats, salaires, frais professionnels…)
- Déclaration via le formulaire n° 2031 et la liasse 2033-A à 2033-G
- Comptabilité simplifiée mais plus complète
Réel normalAu-delà de 840 000 €- Comptabilité complète et en partie double (suivi des créances, dettes, etc.)
- Production d’un bilan, d’un compte de résultat et d’annexes détaillées
- Déclarations de TVA mensuelles (ou trimestrielles selon le cas)

Pour vous aider à choisir, utilisez notre simulateur de statut juridique pour trouver la structure la plus adaptée à votre e-commerce selon votre activité, vos revenus et vos objectifs : 

Comptabilisation des retours, remboursements et avoirs

Gérer les retours et le droit de rétractation

Un client peut renvoyer un produit pour plusieurs raisons : article défectueux, erreur de taille, ou simple changement d’avis.

Vous devez donc définir une politique de retour claire : modalités, délais et conditions de remboursement. Ces informations doivent figurer dans vos conditions générales de vente (CGV) pour éviter tout litige.

Le droit de rétractation permet au consommateur d’annuler une commande en ligne dans les 14 jours suivant la réception, sans motif particulier. L’entreprise doit alors rembourser le client dans un délai raisonnable, en général sous 14 jours après réception du produit retourné.

Certains produits ne sont pas soumis au droit de rétraction : 

  • produits personnalisés ou sur mesure ;
  • produits périssables (alimentaire, fleurs, etc.) ;
  • CD, DVD, logiciels descellés ;
  • produits d’hygiène ou de santé ouverts ;
  • journaux et magazines ;
  • prestations de loisirs ou d’hébergement à date fixe.

Attention, l’absence d’information sur le droit de rétractation est sanctionnée par une amende pouvant atteindre 15 000 € pour une entreprise individuelle (EI, micro-entreprise) et 75 000 € pour une société (SARL, SAS, SAS, etc.).

Comptabiliser les avoirs, remboursements et corrections de TVA

Lorsqu’une vente est annulée ou partiellement remboursée, il faut émettre une facture d’avoir. Ce document comptable corrige ou annule une facture initiale et formalise la dette de l’entreprise envers le client.

Une facture d’avoir peut être émise pour :

  • un retour produit ou un échange ;
  • une réduction commerciale (remise exceptionnelle, geste commercial) ;
  • un remboursement lié à l’indisponibilité d’un article.

Un client retourne un article à 60 € TTC. Vous émettez une facture d’avoir du même montant pour annuler la vente, puis remboursez la somme ou proposez un bon d’achat.

D’un point de vue fiscal, la facture d’avoir ajuste automatiquement la TVA :

  • si la vente est annulée intégralement, la TVA collectée est déduite ;
  • si le retour est partiel, seule la part correspondante est corrigée.

Si la facture initiale comportait une mention de TVA, la facture d’avoir doit en faire autant. Elle doit préciser le montant TTC remboursé et la part de TVA correspondante, afin que les deux parties puissent régulariser leurs déclarations. En cas de rectification sans impact sur le prix (erreur de désignation, référence produit...), la mention “net de taxe” suffit car la TVA initiale reste inchangée.

Ce mécanisme assure la neutralité de la TVA entre le vendeur, le client et l’administration fiscale.

Simplifier la gestion des retours

Automatiser la gestion des retours permet de gagner du temps et de réduire les erreurs.
Les logiciels de gestion e-commerce proposent aujourd’hui :

  • la génération automatique des étiquettes de retour ;
  • le suivi des remboursements en temps réel ;
  • la synchronisation entre les ventes, les avoirs et les déclarations de TVA.

Les différentes méthodes comptables : comptabilité d'exercice vs comptabilité de trésorerie

Pour enregistrer les transactions financières, les entreprises utilisent deux méthodes principales : la comptabilité d’exercice et la comptabilité de trésorerie

Comptabilité d’exercice : enregistrer les opérations dès leur engagement

Avec la comptabilité d’exercice, les produits et les charges sont enregistrés dès qu’ils sont acquis ou engagés, même si le paiement intervient plus tard.

C’est une méthode comptable adaptée aux grandes entreprises ou aux sociétés qui traitent des transactions de crédit. Elle donne une vision précise de la situation financière d’une entreprise.

Comptabilité de trésorerie : enregistrer les flux à l’encaissement et au paiement

À l’inverse, la comptabilité de trésorerie enregistre les opérations uniquement lorsque les flux financiers ont lieu. Un revenu est comptabilisé au moment où l’argent est encaissé et une dépense est enregistrée lors du paiement effectif.

Cette méthode est privilégiée par les petites entreprises car elle permet de connaître en temps réel la trésorerie disponible.

SituationComptabilité de trésorerieComptabilité d’exercice
Vente en ligne d’un produitLa vente est enregistrée le jour du paiement (ex. encaissement Stripe le 5 avril).La vente est enregistrée le jour de la commande (ex. 28 mars), même si le paiement arrive plus tard.
Achat de stock auprès d’un fournisseurLa dépense est enregistrée le jour du règlement (ex. virement du 15 avril).La dépense est enregistrée à la réception de la facture fournisseur, même si elle est payée plus tard.
Abonnement logiciel (Shopify, Tiime, etc.)Enregistré à chaque paiement mensuel.Enregistré au moment de la facturation, puis réparti sur la durée de l’abonnement.
Créance client (commande non encore payée)Non enregistrée tant que le paiement n’est pas reçu.Comptabilisée dès la facturation, même si le client règle plus tard.
Dette fournisseur (facture reçue mais non réglée)Non comptabilisée avant le paiement.Enregistrée comme dette dès la réception de la facture.

Les avantages et inconvénients de la comptabilité de trésorerie 

Les avantages : 

  • Suivi clair de la trésorerie disponible ;
  • Gestion simplifiée des flux d’argent ;
  • Revenus imposés uniquement lorsqu’ils sont encaissés.

Les inconvénients : 

  • Vision partielle de la situation financière ;
  • Ne prend pas en compte les dettes ou créances en attente ;
  • Moins adaptée aux entreprises avec un stock ou des délais de paiement.

Les avantages et inconvénients de la comptabilité d'exercice 

Les avantages : 

  • Reflète fidèlement la santé financière et la rentabilité ;
  • Facilite les comparaisons d’une période à l’autre ;
  • Méthode reconnue par les normes comptables et adaptée aux grandes structures.

Les inconvénients : 

  • Plus complexe à gérer (suivi des créances et dettes) ;
  • Peut masquer les tensions de trésorerie à court terme ;
  • Nécessite souvent l’aide d’un expert-comptable.

Comment changer de méthode comptable ? 

Le passage d’une comptabilité de trésorerie à une comptabilité d’exercice intervient souvent quand l’entreprise grandit ou souhaite présenter des comptes plus détaillés à des investisseurs ou des partenaires financiers.

Voici les formalités à accomplir : 

  1. Mettre à jour les enregistrements existants : vérifiez la cohérence de vos livres de trésorerie et créez un bilan d’ouverture intégrant les créances clients, les dettes fournisseurs et les produits constatés d’avance.
  2. Adapter votre logiciel de comptabilité : la plupart des solutions (Tiime, QuickBooks…) gèrent la comptabilité d’exercice, mais un paramétrage spécifique peut être nécessaire.
  3. Faire appel à un professionnel : un expert-comptable peut ajuster vos écritures, vérifier les impacts fiscaux et assurer la conformité des nouvelles méthodes.
  4. Anticiper les effets fiscaux : le passage à la comptabilité d’exercice peut modifier le résultat imposable. Il est donc conseillé d’en discuter avec votre comptable ou fiscaliste avant la clôture de l’exercice.
  5. Informer vos partenaires : en cas de communication régulière de vos chiffres à des investisseurs ou organismes de financement, pensez à signaler le changement de méthode. 

En résumé : La comptabilité de trésorerie convient aux petites entreprises souhaitant un suivi simple de leurs flux d’argent, tandis que la comptabilité d’exercice offre une vision plus fine et professionnelle de la situation financière. Le passage de l’une à l’autre se prépare, idéalement avec l’aide d’un expert-comptable. 

Les outils et logiciels pour simplifier la gestion comptable d’un e-commerce

De nombreux logiciels de comptabilité spécialisés sont conçus pour répondre aux besoins spécifiques des entreprises de commerce électronique.

Les logiciels de comptabilité spécialisés pour l’e-commerce

Voici une sélection des meilleurs logiciels disponibles, ainsi que leurs caractéristiques et avantages :

LogicielCaractéristiquesAvantages
QuickBooks en ligne- Gestion des ventes et des achats
- Suivi des factures et des paiements
- Intégration avec Shopify, WooCommerce, Amazon, etc.
- Calcul automatique de la TVA
- Interface intuitive et facile à prendre en main
- Accès à des rapports financiers détaillés- Synchronisation bancaire automatique
- Support client réactif
Tiime- Gestion des ventes, achats et paiements
- Numérisation des factures via l’application mobile
- Calcul automatique de la TVA
-Connexion avec les plateformes e-commerce
- Application fluide et moderne
- Centralisation comptable simplifiée
- Accès aux rapports financiers en temps réel
- Accompagnement dédié par un expert-comptable partenaire

Les outils de facturation pour les boutiques en ligne

La facturation est un élément essentiel pour toute boutique en ligne, car elle permet de suivre les ventes, les paiements et de respecter les obligations fiscales. De nombreux outils de facturation sont disponibles pour les entreprises de e-commerce, chacun offrant des fonctionnalités spécifiques pour faciliter la gestion des transactions.

Voici une sélection des meilleurs outils de facturation pour les boutiques en ligne :

  • Shopify
  • WooCommerce
  • Amazon

Les outils de gestion des performances et du suivi des KPIs

Les outils de gestion des performances et de suivi des KPIs (indicateurs clés de performance) sont essentiels pour les entreprises, notamment les sites e-commerce. Ils permettent de mesurer la santé financière et de repérer des pistes d'amélioration. 

Parmi les KPIs importants, on retrouve le panier moyen, le taux de conversion, et le coût d’acquisition client. Suivre ces indicateurs aide à évaluer la rentabilité, ajuster les stratégies et améliorer les performances globales. 

Des outils comme Google Analytics ou Klipfolio permettent de suivre ces indicateurs en temps réel. Shopify Analytics et Google Data Studio sont aussi très utiles pour analyser les performances d’un site e-commerce.

Les principaux indicateurs à suivre pour l’activité de e-commerce sont les suivants :

KPIsCaractéristiques
Chiffre d’affairesSomme des revenus générés par les ventes
Panier moyenLe montant moyen dépensé par chaque client
Coût de revientPrix supporté par le e-commerçant pour acquérir l’article à vendre
Trafic du site (et sources de trafic)Les différents canaux d’acquisition de clients (référencement naturel du site, réseaux sociaux, publicités payantes, etc.)
Taux de conversionPourcentage de visiteurs du site web réalisant un achat
Nombre de commandesNombre de commandes validées et payées (par jour, semaine, mois)
Nombre de produits vendusNombre d’articles achetés par commande
Taux d’abandon de panierPourcentage de clients ajoutant un article dans le panier sans finaliser la commande
Taux de margePourcentage de gain par rapport au prix d’achat pour évaluer la rentabilité du produit
Coût d’acquisition clientMontant de l’investissement nécessaire pour acquérir un nouveau client (marketing, campagnes Google Ads, etc.)
Taux de fidélisation clientsPourcentage de clients qui reviennent réaliser un achat après une première commande.

Externaliser la comptabilité d’un site e-commerce offre plusieurs avantages. La comptabilité, avec la gestion des stocks et des taxes, peut devenir complexe. En confiant cette tâche à un expert-comptable, on gagne du temps, on assure la conformité légale et on peut se concentrer sur la croissance de l’activité. Cela permet aussi d’optimiser la gestion financière et de mieux piloter son entreprise.

Gestion comptable des commissions et frais de plateforme e-commerce

Vendre sur une marketplace (Amazon, Etsy, Vinted, eBay, etc.) implique de payer des commissions et des frais de service. Ces montants, bien que souvent faibles à l’unité, représentent un poste de charges significatif pour un e-commerçant. Ils doivent donc être enregistrés correctement en comptabilité afin d’évaluer la rentabilité réelle de votre activité.

Enregistrer les commissions prélevées par les marketplaces

Chaque plateforme applique ses propres conditions de commissionnement : pourcentage sur le prix de vente, frais fixes par transaction, ou combinaison des deux. Ces modalités figurent généralement dans les conditions générales de vente de la marketplace.

Pour bien comptabiliser ces commissions, il est recommandé de suivre une méthode simple :

  • Identifier les transactions concernées : notez le montant de la vente, les frais de livraison et les éventuels frais additionnels.
  • Calculer la commission selon les règles de la plateforme (ex. 10 % du prix de vente + 0,40 € fixe).
  • Créer une catégorie dédiée dans votre plan comptable pour les commissions marketplace.
  • Enregistrer chaque opération avec la date, le montant et la référence de transaction.

Comptabiliser tous les frais 

Les frais de paiement en ligne constituent une autre catégorie de coûts incontournables. 

  • PayPal prélève une commission fixe de 0,35 € + un pourcentage à partir de 0,60 % pour les transactions nationales et 1,29 % pour les paiements hors Union européenne.
  • Stripe applique des frais similaires selon le volume et la devise.

Les marketplaces comme Amazon, Cdiscount ou Rakuten facturent des frais logistiques liés au stockage, à la préparation et à l’expédition des commandes. Ces coûts doivent être comptabilisés comme charges d’exploitation au même titre que les commissions.

Type de fraisÉcriture comptable
Commission marketplace (Amazon, Etsy…)Débit : 627 – Services bancaires et assimilésCrédit : 512 – Banque
Frais de paiement (PayPal, Stripe, CB)Débit : 627 – Services bancaires et assimilésCrédit : 512 – Banque
Frais de stockage ou logistique (Amazon FBA, Cdiscount Fulfilment…)Débit : 6226 – Frais logistiquesCrédit : 512 – Banque

Réconcilier les paiements différés des plateformes 

Les marketplaces reversent souvent les paiements plusieurs jours après la vente, une fois les commissions et frais déduits

La réconciliation des paiements consiste à comparer les données internes de votre boutique (ventes, factures, remboursements) avec les mouvements enregistrés sur votre compte bancaire ou votre compte de plateforme (PayPal, Stripe, etc.).

L’objectif est de vérifier que :

  • les montants encaissés correspondent bien aux ventes réalisées ;
  • les commissions et frais prélevés sont justifiées ;
  • aucune transaction n’a été oubliée ou enregistrée deux fois.

Les obligations sociales et juridiques liées à l'embauche en e-commerce

Si la comptabilité d’un e-commerce est similaire à celle de toute entreprise, il en est de même pour les formalités liées à l’embauche d’un salarié. Tout recrutement de personnel doit faire l’objet d’une déclaration et de l’établissement d’un contrat de travail.

La déclaration préalable à l’embauche (DPAE)

L’embauche d’un nouveau salarié est à déclarer sur le portail Net-entreprises dans un délai de 8 jours avant sa prise de poste. Le gérant de e-commerce manquant à cette obligation se rend coupable de travail dissimulé et s’expose à :

  • une sanction administrative de 1 226 € par salarié concerné ;
  • une amende de 45 000 € s’il est une personne physique (225 000 € s’il est une personne morale) ;
  • la régularisation des cotisations sociales non acquittées suite à la non-déclaration.

En cas d’embauche d’un salarié étranger, il revient à l’employeur de s’assurer que celui-ci dispose d’un titre valide l’autorisant à exercer une activité sur le territoire français.

La signature d’un contrat de travail

Selon la nature de la relation de travail, le e-commerçant employeur est tenu d’établir un contrat de travail écrit et de le transmettre au salarié dans un délai de 48 heures avant sa prise d’effet. Celui-ci vise à informer le salarié de ses conditions de travail et reprend l’ensemble des termes négociés :

  • Dates de début et de fin de contrat et motif de recours s’il s’agit d’un contrat à durée déterminée ;
  • Horaires de travail ;
  • Rémunération ;
  • Caractéristiques de la mission ;
  • Période d’essai ;
  • Risques professionnels et consignes de prévention ;
  • etc.

C’est également l’occasion pour le salarié de prendre connaissance des avantages dont il dispose : avantages en nature, régime de prévoyance collective et de mutuelle, dispositif d’épargne salariale le cas échéant, etc.

Dans le cadre d’un CDI à temps plein, la législation n’impose pas la rédaction d’un contrat de travail, mais le contrat écrit reste vivement recommandé en cas de litige.

Les obligations complémentaires

D’autres formalités administratives restent à accomplir pour le responsable de e-commerce qui embauche du personnel. Il doit notamment :

  • inscrire le nouveau salarié dans son registre unique du personnel ;
  • affilier ce dernier aux Caisses de retraite complémentaire (Agirc/Arrco) via la DSN (déclaration sociale nominative) ;
  • organiser la première visite médicale d’embauche auprès des services de la médecine du travail à laquelle il est rattaché.

Quand faire appel à un expert-comptable ?

Faire appel à un expert-comptable peut vous apporter des avantages considérables à différents stades de la vie de votre entreprise, de la création à la croissance

Son accompagnement vous aide à respecter vos obligations comptables et fiscales, mais aussi à optimiser votre gestion financière et à prendre des décisions stratégiques éclairées. 

Si vous envisagez de développer votre activité ou de vous lancer dans le e-commerce, il peut être judicieux d'investir dans les services d'un expert-comptable.

Les avantages d’un expert-comptable spécialisé dans l’e-commerce

Faire appel à un expert-comptable est une décision qui peut bénéficier avantageusement à une entreprise, en particulier dans le secteur du e-commerce. Voici quelques situations clés où il est conseillé de solliciter les services d'un expert-comptable :

Gestion des obligations fiscales

  • Pourquoi ? : L’e-commerce est soumis à des obligations fiscales spécifiques, comme la TVA, qui peuvent varier en fonction des pays et des régions.
  • Bénéfice : Un expert-comptable connaît les règles fiscales en vigueur et peut vous aider à assurer la conformité, à minimiser les risques juridiques en cas d'audit et à optimiser vos charges fiscales.

Croissance rapide

  • Pourquoi ? : Si votre entreprise connaît une croissance rapide, la gestion de la comptabilité peut devenir complexe. Cela inclut l'augmentation des ventes, des employés et des transactions financières.
  • Bénéfice : Un expert-comptable peut vous aider à mettre en place des processus de comptabilité adaptés à votre croissance et à gérer efficacement vos finances. 

Préparation des états financiers

  • Pourquoi ? : La préparation des états financiers, comme le bilan et le compte de résultat, est essentielle pour comprendre la santé financière de votre entreprise.
  • Bénéfice : Un expert-comptable peut vous aider à préparer ces documents avec précision et à les interpréter pour prendre des décisions éclairées.

Bonnes pratiques pour une comptabilité e-commerce efficace

Numériser et centraliser toutes vos pièces comptables

Numériser ses factures réduit les risques de perte ou de détérioration des documents physiques. De plus, une centralisation facilite l'accès et le partage d'informations.

Simplifier les échanges avec votre expert-comptable est un excellent moyen de gagner du temps et d'améliorer l'efficacité de votre gestion comptable. En mettant en œuvre ces bonnes pratiques, vous pouvez établir une collaboration fluide et productive, permettant à votre entreprise de e-commerce de se concentrer sur sa croissance tout en assurant une gestion financière saine et conforme.

Automatiser les tâches répétitives

L'automatisation de la facturation et des exportations de ventes est une stratégie essentielle pour les entreprises de commerce électronique, permettant de limiter les erreurs humaines, de gagner du temps et d'améliorer l'efficacité opérationnelle.

Assurer un suivi rigoureux des stocks

Un suivi précis des stocks est indispensable pour maximiser les marges bénéficiaires et optimiser la trésorerie d'une entreprise d’e-commerce. En adoptant des pratiques de gestion efficace et en utilisant des outils adaptés, vous pouvez améliorer la rentabilité, le service client et la performance globale de votre activité. En fin de compte, une gestion optimale des stocks contribue à la pérennité de votre entreprise et à sa croissance.

Se tenir informé des évolutions légales et fiscales

Rester à jour avec les modifications fiscales, en particulier concernant la TVA intracommunautaire, est essentiel pour toute entreprise d’e-commerce opérant dans un environnement européen. Cela permet non seulement de garantir la conformité légale, mais aussi d'optimiser la gestion de la TVA, de planifier efficacement, et de faciliter les transactions. En investissant du temps et des ressources dans la veille fiscale, votre entreprise pourra non seulement éviter des problèmes financiers, mais aussi renforcer sa position.

Les questions courantes sur la comptabilité en E-commerce

Comment déclarer la TVA pour les ventes en e-commerce ?

Selon votre régime fiscal, vous devez soumettre des déclarations de TVA sur une base mensuelle ou trimestrielle. Cette déclaration doit inclure :

  • Le montant total des ventes.
  • Le montant de la TVA collectée sur ces ventes.
  • Le montant total des achats et la TVA déductible sur ces achats.

La déclaration de TVA peut généralement être effectuée en ligne via le portail des impôts pour les entreprises en France.

Soyez attentif aux dates limites de déclaration pour éviter des pénalités.

Attention si vous faites de ventes dans l'Union Européenne vous faites partie du registre mini guichet c’est-à-dire les entreprises déclarent la TVA due pour toutes leurs ventes à distance dans l'UE via une seule déclaration. Cela inclut les ventes à des particuliers (B2C) et à des entreprises (B2B) lorsque les biens sont expédiés vers un autre pays de l'UE.

Est-il obligatoire d’avoir un compte bancaire professionnel pour un e-commerce ?

Oui, il est généralement obligatoire d'avoir un compte bancaire professionnel pour une entreprise de e-commerce. Il permet une plus grande clarté financière en distinguant les opérations professionnelles des opérations personnelles et facilite le suivi des flux de trésorerie.

Quel CMS choisir pour un site e-commerce et pourquoi ?

Le choix d'un CMS pour votre site e-commerce dépend de plusieurs facteurs : le budget, les compétences techniques du e-commerçant, l’envergure de l’entreprise et son potentiel de développement. Privilégiez un CMS qui permet de centraliser et d’automatiser les éléments de gestion de la comptabilité de votre e-commerce. Parmi les plus utilisés, on retrouve Shopify, PrestaShop et Magento.

Est-il possible de déduire des achats non vendus ?

Il est possible de déduire des achats non vendus, mais cela dépend de la gestion de l'inventaire, de la méthode comptable adoptée et des réglementations fiscales en vigueur.

Pour maximiser vos déductions et garantir la conformité de la comptabilité de votre e-commerce, il est recommandé de consulter un expert-comptable ou un conseiller fiscal. Celui-ci vous permettra d'optimiser votre comptabilité tout en respectant la législation en vigueur.

Sources et références 

Faire du commerce en ligne (e-commerce) : règles à respecter - entreprendre.service-public.gouv.fr 

Comment fonctionne la TVA pour la vente en ligne ? - economie.gouv.fr 

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