LE Guide pour gérer la comptabilité de son e-commerce !

Temps de lecture : 12 min
L'article en bref

Ce qu'il faut retenir

  • La comptabilité est essentielle pour suivre les performances financières et prendre des décisions stratégiques dans un e-commerce.
  • Les obligations fiscales et légales, notamment la gestion de la TVA, sont cruciales pour assurer la conformité d'un site e-commerce.
  • Faire appel à un expert-comptable en ligne peut vous aider à automatiser vos processus et à optimiser la rentabilité de votre activité.
  • Une gestion rigoureuse de la trésorerie permet de mieux anticiper les périodes de faiblesse et de maximiser la rentabilité.
  • Le choix du régime fiscal et comptable est déterminant pour un e-commerce, selon le chiffre d'affaires réalisé.
  • L'utilisation de logiciels de comptabilité spécialisés simplifie la gestion financière et assure un meilleur suivi des performances.
  • Externaliser la comptabilité d'un site e-commerce permet de se concentrer sur la croissance de l'activité.
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Guillaume DELEMARLE
Expert-comptable avec plus de 9 ans d'expérience. Spécialisé dans l'accompagnement des TPE et créateurs d'entreprise.
Article mis à jour
Sommaire

La comptabilité est essentielle pour un e-commerce, car elle permet de suivre les performances financières, gérer la trésorerie, respecter les obligations fiscales et prendre des décisions stratégiques.

Les obligations fiscales et légales spécifiques au e-commerce sont primordiales. Un expert-comptable en ligne peut vous aider à optimiser la rentabilité de votre activité, à automatiser les processus comptables et à assurer une conformité fiscale. Cela vous libère du temps pour vous concentrer sur le développement de votre entreprise.

Faire appel à un expert-comptable en ligne, c'est bénéficier de conseils adaptés à votre secteur, tout en profitant des avantages des outils numériques pour une gestion efficace et une croissance assurée.

Podcast : Croire en son projet e-commerce

Pourquoi la comptabilité est-elle essentielle pour un site e-commerce ?

Garantir la conformité légale

Les entreprises de commerce électronique, qui peuvent avoir des clients dans différents pays, doivent se conformer aux règles fiscales spécifiques à chaque juridiction, notamment en matière de TVA (Taxe sur la Valeur Ajoutée). Une comptabilité bien tenue permet de :

  • calculer et collecter la TVA applicable à chaque transaction ;

  • remplir et déposer les déclarations fiscales dans les délais impartis ;

  • éviter des amendes ou des sanctions en cas de contrôle fiscal ;

C’est pourquoi la tenue de livres comptables est obligatoire : livre journal et grand livre.

Tout site e-commerce est soumis à des obligations légales :

  • l'enregistrement de toutes les transactions (ventes, achats, paiements) ;

  • la production d'états financiers (bilan, compte de résultat, etc.) ;

  • la conservation des justificatifs comptables pendant une période minimale de 10 ans.

Gérer la comptabilité de son e-commerce

Établir les comptes annuels obligatoires pour un e-commerce

À l’instar de toute entreprise, le gérant de e-commerce est tenu de produire les comptes annuels à la fin de l’exercice comptable. Ces derniers relatent le résultat de la période écoulée, et indiquent si l’activité a généré un bénéfice ou un déficit.

Pour ce faire, le e-commerçant doit établir : 

  • un bilan comptable, reprenant l’actif et le passif de l’entreprise (stocks, créances clients, dettes, etc.) ;

  • un compte de résultat, qui inventorie les charges (salaires, achats, impôts) et les produits (ventes, intérêts de capitaux placés) ;

  • une annexe légale, apportant un complément d’informations en précisant notamment les méthodes comptables utilisées.

L’établissement des comptes annuels répond à l’obligation légale de transparence financière. Ces documents constituent la projection fidèle et honnête du patrimoine de la société. Ils permettent aux tiers de prendre connaissance de la situation financière du e-commerce.

Optimiser la gestion de votre trésorerie et rentabilité

Une gestion rigoureuse de la comptabilité permet d'avoir une vision claire des entrées et sorties d'argent. Cela inclut :

  • La surveillance des paiements clients et des dépenses (achats, frais de publicité, services logistiques) ;

  • La gestion des délais de paiement.

Grâce à ce suivi, l'entreprise peut mieux anticiper les périodes de faiblesses et prendre des mesures proactives, comme la négociation des délais de paiement avec les fournisseurs ou la mise en place de promotions pour booster les ventes.

Améliorer la prise de décision stratégique

La comptabilité fournit des données financières précises qui permettent de suivre les performances de l'entreprise : revenus, marges bénéficiaires, coûts fixes et variables. Ces informations sont essentielles pour :

  • Identifier les produits ou catégories les plus rentables

  • Comprendre les sources de coûts excessifs ou non rentables.

  • Ajuster les stratégies commerciales en fonction des résultats observés

Une vision claire des performances aide à prendre des décisions stratégiques sur les produits à promouvoir en adéquation avec les tendances actuelles.

Quelles sont les obligations légales et fiscales de la comptabilité e-commerce ?

Enregistrer et conserver vos factures en ligne

Les entreprises doivent respecter les obligations fiscales concernant la facturation et la conservation des documents comptables. En France, par exemple, les factures doivent être conservées pendant 10 ans.

La gestion de la facturation et de la comptabilité du e-commerce peut s’opérer de différentes manières :

Choisir un logiciel de comptabilité : optez pour une solution adaptée à votre activité de e-commerce qui offre des fonctionnalités d'enregistrement et de gestion des factures. Le logiciel Tiime permet de numériser vos factures papier en utilisant l'application de numérisation sur votre smartphone pour créer des copies numériques. Assurez-vous que les fichiers sont clairs et lisibles afin de leur conférer leur valeur probante.

Opter pour une plateforme dématérialisée partenaire (PDP) pour répondre à l’obligation légale relative à la facturation électronique. Initialement prévue au 1er juillet 2024, les pouvoirs publics ont finalement revu le calendrier de sa mise en œuvre, repoussant sa prise d’effet au : 

  • 1er septembre 2026 pour les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaires ;

  • 1er septembre 2027 pour les petites et moyennes entreprises.

Les professionnels du e-commerce n’échappent pas à la règle et doivent se conformer à ce nouveau modèle de facturation, notamment lorsque leur activité s’exerce en B2B. La facturation électronique vise à simplifier les obligations déclaratives en matière de TVA des entrepreneurs et permet de clarifier les informations transmises à l’administration fiscale. 

Ces modalités de facturation s’appliquent également à l’entrepreneur assujetti à la franchise en base de TVA, même s’il n’en est pas redevable. Elles permettent aux services des impôts de mieux contrôler les éventuels dépassements de seuil et de lutter efficacement contre la fraude.

La gestion de la TVA en e-commerce

La gestion de la TVA (Taxe sur la Valeur Ajoutée) dans le secteur du e-commerce est un aspect important pour assurer la conformité fiscale et optimiser la rentabilité.

La Loi de finances a introduit de nouvelles règles en matière de TVA pour la vente en ligne de biens adressés aux particuliers entre États membres de l’Union européenne. L’application de la TVA dépend du chiffre d’affaires annuel du vendeur. Depuis le 1er juillet 2021, un seuil unique est établi pour l’ensemble de l’UE, s’élevant à 10 000 €. Ainsi, la collecte de la TVA s’opère comme suit : 

  • si le chiffre d’affaires annuel du vendeur est inférieur à 10 000 €, il déclare et paie la TVA à l’état membre dans lequel il est domicilié ;

  • si son CA annuel est supérieur à 10 000 €, le e-commerçant est redevable de la TVA auprès de l’état membre où se situe l’acheteur.

Le e-commerçant assujetti dispose désormais de l’application OSS (One Stop Shop) ou guichet unique pour choisir un régime simplifié et adapté à son activité parmi les 3 régimes suivants : 

  • le régime non-Union ;

  • le régime de l’Union ;

  • le régime d’importation.

Il peut alors effectuer ses déclarations de TVA relatives aux ventes qu’il réalise à distance, sans devoir s’immatriculer dans chaque État membre où résident ses clients.

Choisir le bon régime fiscal et comptable pour votre e-commerce

Le choix du statut juridique impacte directement le régime fiscal et comptable applicable à votre entreprise. Voici les principaux statuts pour un e-commerce :

Auto-entrepreneur (micro-entreprise) et son régime micro-fiscal

Ce régime est très simplifié et s'avère intéressant si votre chiffre d'affaires reste sous les plafonds légaux 188 700 € pour la vente de biens. Les micro entrepreneurs bénéficient d'une comptabilité ultra simplifiée.

Sur le plan fiscal, le gérant de e-commerce peut bénéficier de la franchise en base de TVA. Pour y être éligible, le micro-entrepreneur doit respecter un autre autre seuil de chiffre d’affaires. Celui-ci s’élève à 85 000 € HT annuel pour une activité de vente en ligne de marchandises. 

Tant que le e-commerçant génère un chiffre d’affaires annuel inférieur à ce plafond, il bénéficie d’une exonération de la TVA et n’est pas tenu de produire une déclaration. En revanche, il ne peut pas déduire la TVA sur ses achats professionnels.

Choisir le régime comptable adéquat : régime micro-BIC ou régime réel

En sa qualité de personne physique, l’entrepreneur peut également exercer une activité de vente en ligne en entreprise individuelle (EI). Il est alors soumis de plein droit à l’impôt sur le revenu (IR). Dans ce cas, 3 régimes d’imposition peuvent s’appliquer et dépendent du chiffre d’affaires réalisé. 

Le régime micro-BIC : il s’applique dès lors que le chiffre d’affaires du e-commerçant n’excède pas le seuil de 188 700 € HT. Il concerne le micro-entrepreneur dont le chiffre d’affaires dépasse le plafond de franchise en base de TVA, mais demeure inférieur au plafond de CA de la micro-entreprise. Aucune déclaration de bénéfices n’est exigée. Le montant de chiffre d’affaires est à ajouter sur la déclaration des revenus dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux (BIC).

À savoir : le régime micro-BIC ne permet pas de déduire de charges, mais se voit appliquer un abattement forfaitaire pour frais professionnels de 71 %.

Le régime réel simplifié : dès lors que le chiffre d’affaires généré par la vente en ligne de marchandises est compris entre 188 700 € HT et 840 000 € HT, c’est le régime réel simplifié qui s’applique. Il s’agit de déclarer le chiffre d’affaires réalisé après déduction des charges déductibles (frais professionnels, salaires, etc.). La comptabilité se complexifie mais reste tout de même allégée. Elle implique d’effectuer une déclaration de résultat via le formulaire n° 2031 et la liasse fiscale des tableaux n° 2033-A à 2033-G.

Le régime réel normal : au-delà du seuil de CAHT de 840 000 €, le e-commerçant est soumis au régime réel normal. Il implique alors la tenue d’une comptabilité complète comprenant : 

  • une comptabilité en partie double (suivie des créances, dettes, etc.) ;

  • la production d'un bilan, d'un compte de résultat et d'annexes comptables détaillées ;

  • les déclarations de TVA régulières (mensuelles ou trimestrielles).

Pour vous aider à choisir le statut juridique adapté à votre situation pour votre création d'entreprise d'e-commerce voici un simulateur :

Les outils et logiciels pour simplifier la gestion comptable d’un e-commerce

De nombreux logiciels de comptabilité spécialisés sont conçus pour répondre aux besoins spécifiques des entreprises de commerce électronique.

Logiciels de comptabilité spécialisés pour l’e-commerce

Voici une sélection des meilleurs logiciels disponibles, ainsi que leurs caractéristiques et avantages :

QuickBooks en ligne

Caractéristiques :

  • Gestion des ventes et des achats

  • Suivi des factures et des paiements

  • Intégration avec de nombreuses plateformes e-commerce (Shopify, WooCommerce, etc.)

  • Calcul automatique de la TVA

Avantages :

  • Interface intuitive et facile à utiliser

  • Accès aux rapports financiers détaillés

  • Support client réac

La solution Tiime

Caractéristiques :

  • Gestion des ventes et des achats

  • Suivi des factures et des paiements

  • Calcul automatique de la TVA

Avantages :

  • Interface intuitive et facile à utiliser

  • Accès aux rapports financiers détaillés

  • Support client réactif

Outils de facturation pour les boutiques en ligne

La facturation est un élément essentiel pour toute boutique en ligne, car elle permet de suivre les ventes, les paiements et de respecter les obligations fiscales. De nombreux outils de facturation sont disponibles pour les entreprises de e-commerce, chacun offrant des fonctionnalités spécifiques pour faciliter la gestion des transactions. Voici une sélection des meilleurs outils de facturation pour les boutiques en ligne :

  • Shopify

  • WooCommerce

  • Amazon

Outils de gestion des performances et du suivi des KPIs

Les outils de gestion des performances et de suivi des KPIs (indicateurs clés de performance) sont essentiels pour les entreprises, notamment les sites e-commerce. Ils permettent de mesurer la santé financière et de repérer des pistes d'amélioration. Parmi les KPIs importants, on retrouve le panier moyen, le taux de conversion, et le coût d’acquisition client. Suivre ces indicateurs aide à évaluer la rentabilité, ajuster les stratégies et améliorer les performances globales. Des outils comme Google Analytics ou Klipfolio permettent de suivre ces indicateurs en temps réel. Shopify Analytics et Google Data Studio sont aussi très utiles pour analyser les performances d’un site e-commerce.

Les principaux indicateurs à suivre pour l’activité de e-commerce sont les suivants : 

KPIsCaractéristiques
Chiffre d’affairesSomme des revenus générés par les ventes
Panier moyenLe montant moyen dépensé par chaque client
Coût de revientPrix supporté par le e-commerçant pour acquérir l’article à vendre
Trafic du site (et sources de trafic)Les différents canaux d’acquisition de clients (référencement naturel du site, réseaux sociaux, publicités payantes, etc.)
Taux de conversionPourcentage de visiteurs du site web réalisant un achat
Nombre de commandesNombre de commandes validées et payées (par jour, semaine, mois)
Nombre de produits vendusNombre d’articles achetés par commande
Taux d’abandon de panierPourcentage de clients ajoutant un article dans le panier sans finaliser la commande
Taux de margePourcentage de gain par rapport au prix d’achat pour évaluer la rentabilité du produit
Coût d’acquisition clientMontant de l’investissement nécessaire pour acquérir un nouveau client (marketing, campagnes Google Ads, etc.)
Taux de fidélisation clientsPourcentage de clients qui reviennent réaliser un achat après une première commande.

Externaliser la comptabilité d’un site e-commerce offre plusieurs avantages. La comptabilité, avec la gestion des stocks et des taxes, peut devenir complexe. En confiant cette tâche à un expert-comptable, on gagne du temps, on assure la conformité légale et on peut se concentrer sur la croissance de l’activité. Cela permet aussi d’optimiser la gestion financière et de mieux piloter son entreprise.

Les obligations sociales et juridiques liées à l'embauche en e-commerce

Si la comptabilité d’un e-commerce est similaire à celle de toute entreprise, il en est de même pour les formalités liées à l’embauche d’un salarié. Tout recrutement de personnel doit faire l’objet d’une déclaration et de l’établissement d’un contrat de travail.

La déclaration préalable à l’embauche (DPAE)

L’embauche d’un nouveau salarié est à déclarer sur le portail Net-entreprises dans un délai de 8 jours avant sa prise de poste. Le gérant de e-commerce manquant à cette obligation se rend coupable de travail dissimulé et s’expose à : 

  • une sanction administrative de 1 226 € par salarié concerné ;

  • une amende de 45 000 € s’il est une personne physique (225 000 € s’il est une personne morale) ;

  • la régularisation des cotisations sociales non acquittées suite à la non-déclaration.

Bon à savoir : en cas d’embauche d’un salarié étranger, il revient à l’employeur de s’assurer que celui-ci dispose d’un titre valide l’autorisant à exercer une activité sur le territoire français.

La signature d’un contrat de travail

Selon la nature de la relation de travail, le e-commerçant employeur est tenu d’établir un contrat de travail écrit et de le transmettre au salarié dans un délai de 48 heures avant sa prise d’effet. Celui-ci vise à informer le salarié de ses conditions de travail et reprend l’ensemble des termes négociés : 

  • dates de début et de fin de contrat et motif de recours s’il s’agit d’un contrat à durée déterminée ;

  • horaires de travail ;

  • rémunération ;

  • caractéristiques de la mission ;

  • période d’essai ;

  • risques professionnels et consignes de prévention ;

  • etc.

C’est également l’occasion pour le salarié de prendre connaissance des avantages dont il dispose : avantages en nature, régime de prévoyance collective et de mutuelle, dispositif d’épargne salariale le cas échéant, etc.

Bon à savoir : dans le cadre d’un CDI à temps plein, la législation n’impose pas la rédaction d’un contrat de travail, mais le contrat écrit reste vivement recommandé en cas de litige.

Les obligations complémentaires

D’autres formalités administratives restent à accomplir pour le responsable de e-commerce qui embauche du personnel. Il doit notamment : 

  • inscrire le nouveau salarié dans son registre unique du personnel ;

  • affilier ce dernier aux Caisses de retraite complémentaire (Agirc/Arrco) via la DSN (déclaration sociale nominative) ;

  • organiser la première visite médicale d’embauche auprès des services de la médecine du travail à laquelle il est rattaché.

Quand faire appel à un expert-comptable ?

Faire appel à un expert-comptable peut vous apporter des avantages considérables à différents stades de la vie de votre entreprise, de la création à la croissance. Cela vous permet non seulement de respecter vos obligations comptables et fiscales, mais aussi d'optimiser votre gestion financière et de prendre des décisions stratégiques éclairées. Si vous envisagez de développer votre activité ou de vous lancer dans le e-commerce, il peut être judicieux d'investir dans les services d'un expert-comptable.

Les avantages d’un expert-comptable spécialisé dans l’e-commerce

Faire appel à un expert-comptable est une décision qui peut bénéficier avantageusement à une entreprise, en particulier dans le secteur du e-commerce. Voici quelques situations clés où il est conseillé de solliciter les services d'un expert-comptable :

Gestion des obligations fiscales

  • Pourquoi ? Le e-commerce est soumis à des obligations fiscales spécifiques, comme la TVA, qui peuvent varier en fonction des pays et des régions.

  • Bénéfice : un expert-comptable connaît les règles fiscales en vigueur et peut vous aider à assurer la conformité, à minimiser les risques juridiques en cas d'audit et à optimiser vos charges fiscales.

Croissance rapide

  • Pourquoi ? Si votre entreprise connaît une croissance rapide, la gestion de la comptabilité peut devenir complexe. Cela inclut l'augmentation des ventes, des employés et des transactions financières.

  • Bénéfice : un expert-comptable peut vous aider à mettre en place des processus de comptabilité adaptés à votre croissance et à gérer efficacement vos finance

Préparation des états financiers

  • Pourquoi ? : La préparation des états financiers, comme le bilan et le compte de résultat, est essentielle pour comprendre la santé financière de votre entreprise.

  • Bénéfice : Un expert-comptable peut vous aider à préparer ces documents avec précision et à les interpréter pour prendre des décisions éclairées.

Bonnes pratiques pour une comptabilité e-commerce efficace

Numériser et centraliser toutes vos pièces comptables

Numériser ses factures réduit les risques de perte ou de détérioration des documents physiques. De plus, une centralisation facilite l'accès et le partage d'informations.

Simplifier les échanges avec votre expert-comptable est un excellent moyen de gagner du temps et d'améliorer l'efficacité de votre gestion comptable. En mettant en œuvre ces bonnes pratiques, vous pouvez établir une collaboration fluide et productive, permettant à votre entreprise de e-commerce de se concentrer sur sa croissance tout en assurant une gestion financière saine et conforme.

Automatiser les tâches répétitives

L'automatisation de la facturation et des exportations de ventes est une stratégie essentielle pour les entreprises de commerce électronique, permettant de limiter les erreurs humaines, de gagner du temps et d'améliorer l'efficacité opérationnelle.

Assurer un suivi rigoureux des stocks

Un suivi précis des stocks est indispensable pour maximiser les marges bénéficiaires et optimiser la trésorerie d'une entreprise de e-commerce. En adoptant des pratiques de gestion efficaces et en utilisant des outils adaptés, vous pouvez améliorer la rentabilité, le service client et la performance globale de votre activité. En fin de compte, une gestion optimale des stocks contribue à la pérennité de votre entreprise et à sa croissance.

Se tenir informé des évolutions légales et fiscales

Rester à jour avec les modifications fiscales, en particulier concernant la TVA intracommunautaire, est essentielle pour toute entreprise de e-commerce opérant dans un environnement européen. Cela permet non seulement de garantir la conformité légale, mais aussi d'optimiser la gestion de la TVA, de planifier efficacement, et de faciliter les transactions. En investissant du temps et des ressources dans la veille fiscale, votre entreprise pourra non seulement éviter des problèmes financiers, mais aussi renforcer sa position.

Les questions courantes sur la comptabilité en E-commerce

Comment déclarer la TVA pour les ventes en e-commerce ?

Selon votre régime fiscal, vous devez soumettre des déclarations de TVA sur une base mensuelle ou trimestrielle. Cette déclaration doit inclure :

  • Le montant total des ventes.

  • Le montant de la TVA collectée sur ces ventes.

  • Le montant total des achats et la TVA déductible sur ces achats.

La déclaration de TVA peut généralement être effectuée en ligne via le portail des impôts pour les entreprises en France.

Soyez attentif aux dates limites de déclaration pour éviter des pénalités.

Attention si vous faites de ventes dans l'Union Européenne vous faites partie du registre mini guichet c’est-à-dire les entreprises déclarent la TVA due pour toutes leurs ventes à distance dans l'UE via une seule déclaration. Cela inclut les ventes à des particuliers (B2C) et à des entreprises (B2B) lorsque les biens sont expédiés vers un autre pays de l'UE.

Est-il obligatoire d’avoir un compte bancaire professionnel pour un e-commerce ?

Oui, il est généralement obligatoire d'avoir un compte bancaire professionnel pour une entreprise de e-commerce. Il permet une plus grande clarté financière en distinguant les opérations professionnelles des opérations personnelles et facilite le suivi des flux de trésorerie.

Quel CMS choisir pour un site e-commerce et pourquoi ?

Le choix d'un CMS pour votre site e-commerce dépend de plusieurs facteurs : le budget, les compétences techniques du e-commerçant, l’envergure de l’entreprise et son potentiel de développement. La solution privilégiée permet de centraliser et d’automatiser les éléments de gestion de la comptabilité de votre e-commerce.

Est-il possible de déduire des achats non vendus ?

Il est possible de déduire des achats non vendus, mais cela dépend de la gestion de l'inventaire, de la méthode comptable adoptée et des réglementations fiscales en vigueur

Pour maximiser vos déductions et garantir la conformité de la comptabilité de votre e-commerce, il est recommandé de consulter un expert-comptable ou un conseiller fiscal. Celui-ci vous permettra d'optimiser votre comptabilité tout en respectant la législation en vigueur.

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